Năm 2018, Kiểm toán Nhà nước đã kiểm toán Báo cáo tài chính và các hoạt động liên quan đến quản lý, sử dụng vốn nhà nước năm 2017 của 253 doanh nghiệp thuộc 31 tập đoàn, tổng công ty và công ty; 1 chuyên đề  (liên quan đến dự án của Tổng công ty Truyền tải điện Quốc gia và 5 Tổng công ty điện lực kinh doanh điện năng thuộc Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) và 8 dự án độc lập trong lĩnh vực đầu tư xây dựng.

Phần lớn các tập đoàn, tổng công ty và công ty nhà nước còn sai sót trong việc hạch toán kế toán, kê khai nghĩa vụ với ngân sách Nhà nước nên qua kiểm toán phải điều chỉnh tăng, giảm tài sản, nguồn vốn, doanh thu, chi phí. Kiểm toán Nhà nước kiến nghị tăng thu ngân sách Nhà nước 10.896 tỷ đồng và 336.999 USD.

Ngoài ra, nhiều tập đoàn, tổng công ty quản lý nợ chưa chặt chẽ, để phát sinh nợ phải thu quá hạn (Kiểm toán Nhà nước liệt kê 10 đơn vị liên quan với số nợ phải thu quá hạn là gần 13.000 tỷ đồng), nợ khó đòi lớn (hơn 14.000 tỷ đồng), vật tư, hàng hóa ứ đọng, chậm luân chuyển lớn (PVN 386 tỷ đồng; PVFCCo 117 tỷ đồng; EVN 172 tỷ đồng; VNS 161 tỷ đồng; MobiFone 51 tỷ đồng; Viglacera 57 tỷ đồng; Công ty mẹ - HFIC 22 tỷ đồng; Satra 21 tỷ đồng; Handico còn 19 căn chung cư 30 tỷ đồng từ năm 2012), khấu hao tài sản cố định  không đúng quy định (EVN trích thừa 369 tỷ đồng; PVN 17 tỷ đồng; MobiFone 51,8 tỷ đồng; Vietsovpetro 1.329.448 USD; HFIC 21 tỷ đồng,…).

Thêm vào đó, một số đơn vị đầu tư tài sản cố định chưa sử dụng hoặc sử dụng không hiệu quả gây lãng phí. Cụ thể, Công ty mẹ - TCT Thanh Lễ đầu tư xây dựng Kho nhớt tại phường Chánh Mỹ tỉnh Bình Dương 8,97 tỷ đồng chưa đưa vào sử dụng từ năm 2015 đến nay. Viwaseen có công suất thiết kế nhà máy 5.000 m3/ngày đêm nhưng thực tế sử dụng 3000 m3/ngày đêm.

Một số doanh nghiệp thuộc PVN gửi tiền tại OceanBank bị chậm luân chuyển do Ngân hàng Nhà nước đang thực hiện kiểm soát trực tiếp (hơn 9.000 tỷ đồng, 86.016.903 USD và 2.171 EUR), đặc biệt giai đoạn năm 2010-2015, Ban Quản lý Dự án công trình Liên hợp Lọc hóa dầu Nghi Sơn đã gửi tiền tại 02 ngân hàng nhưng tiền lãi nhận được để ngoài hệ thống sổ sách kế toán, có dấu hiệu vi phạm pháp luật 22,1 tỷ đồng và KTNN đã chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra để điều tra làm rõ.

Một số doanh nghiệp có hệ số nợ phải trả trên vốn chủ sở hữu cao, kinh doanh chủ yếu dựa vào vốn vay các tổ chức tín dụng, vốn chiếm dụng, tiềm ẩn rủi ro mất cân đối tài chính như Công ty TNHH MTV Khách sạn Dầu khí PTSC 4,8 lần, Công ty TNHH Khảo sát địa Vật lý PTSC CGGV 3,2 lần, Công ty CP Dịch vụ Dầu khí Quảng Ngãi 22,4 lần…), sử dụng vốn vay không đúng mục đích như Sagri với 04 hợp đồng vay 11 triệu Euro và 150 tỷ đồng mục đích vay là bổ sung vốn lưu động nhưng Sagri chuyển tiền vào tài khoản tiền gửi có kỳ hạn)…hoặc có vốn chủ sở hữu lớn hơn vốn điều lệ được phê duyệt nhưng chưa được cơ quan có thẩm quyền xử lý theo quy định như Công ty mẹ - PVN 24.407 tỷ đồng, EVN -EVNGENCO1 là 1.973 tỷ đồng, Công ty mẹ - Resco 1.195 tỷ đồng...).

Kiểm toán Nhà nước đánh giá, hoạt động sản xuất kinh doanh của nhiều doanh nghiệp trực thuộc tập đoàn, tổng công ty không hiệu quả dẫn đến thua lỗ lớn, mất vốn chủ sở hữu, phải giải thể. Cụ thể, lỗ lũy kế đến 31/12/2017, PVN- Tổng công ty CP Xây lắp Dầu khí là 3.377 tỷ đồng, Handico - Công ty CP Kinh doanh và phát triển nhà Hà Nội số 68 là 51 tỷ đồng, Viglacera với 5/21 công ty con là 81 tỷ đồng, Vietsovpetro- Công ty cổ phần Chế tạo tầu và giàn khoan dầu khí 581 tỷ đồng, Sagri với 2/05 công ty con là 67 tỷ đồng, Công ty mẹ - Becamex với 1/09 công ty con lỗ lũy kế 13 tỷ đồng, Samco với 1/08 công ty con 266 tỷ đồng,…Riêng năm 2017, Công ty CP Nghe nhìn Toàn cầu (AVG) thuộc MobiFone lỗ 73 tỷ đồng,…

Thêm vào đó, một số đơn vị trích lập dự phòng giảm giá đầu tư tài chính không đúng quy định như Viwaseen - Công ty Viwaseen 1, Công ty Viwaseen 2, Công ty Viwaseen 4 sở hữu vốn góp, cổ phần của nhau không phù hợp với Nghị định số 96/2015/NĐ-CP ngày 19/10/2015 của Chính phủ. Công ty mẹ Tổng công ty  Dầu Việt Nam và các công ty con đang đầu tư góp vốn trùng 5 doanh nghiệp là chưa tuân thủ theo Điều 189 Luật doanh nghiệp năm 2014, HFIC góp vốn vào các doanh nghiệp theo chức năng Quỹ đầu tư phát triển địa phương vượt giới hạn theo Điều 1 Nghị định 37/2013/NĐ-CP.).

Hoạt động đầu tư ra nước ngoài của PVN không hiệu quả, tiềm ẩn rủi ro mất vốn, thua lỗ cao (24 dự án tìm kiếm thăm dò phát triển dầu khí không thành công đã và đang hoàn thành thủ tục chấm dứt dự án (tổng chi phí 773 triệu USD); Dự án Danan - Iran và Dự án Junin 2 - Venezuela dừng, giãn tiến độ (660 triệu USD); 02 Dự án tại Peru đang xin chủ trương chuyển nhượng (849 triệu USD).

PVN cũng chuyển vốn đầu tư ra nước ngoài vượt hạn mức quy định trong giấy chứng nhận đầu tư Dự án Lô 67 chuyển vượt 142 triệu USD, Dự án SK 305 chuyển vượt 15 triệu USD.

Tại thời điểm chuyển vốn đầu tư, pháp luật về đầu tư ra nước ngoài chưa quy định về hạn mức chuyển vốn. Tuy nhiên, từ ngày 13/8/2016, Thông tư số 12/2016/TT-NHNN có hiệu lực, tại Khoản 6 Điều 15 quy định "Tổng số tiền chuyển ra nước ngoài... không vượt quá tổng vốn đầu tư ra nước ngoài bằng tiền theo Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước ngoài" và tại Khoản 2 Điều 17 Nghị định 124/2017/NĐ-CP cũng có quy định "Nhà đầu tư góp vốn thực hiện dự án dầu khí nước ngoài trong hạn mức vốn đầu tư ra nước ngoài ghi trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ra nước ngoài" nhưng đến nay vẫn chưa điều chỉnh.