Quy chế quy định về tổ chức, nguyên tắc hoạt động, trách nhiệm, chế độ làm việc, chế độ thông tin báo cáo, cơ chế phối hợp công tác và các hoạt động liên quan của Ban Chỉ đạo quốc gia.

Theo Quy chế, Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Phạm Gia Túc giữ cương vị Trưởng ban Chỉ đạo quốc gia. 4 Phó Trưởng ban gồm Bộ trưởng Bộ Tài chính Ngô Văn Tuấn (Phó Trưởng ban Thường trực), Bộ trưởng Bộ Công Thương Lê Mạnh Hùng, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng, Thượng tướng Nguyễn Văn Gấu và Thứ trưởng Bộ Công an Nguyễn Ngọc Lâm.

Ban Chỉ đạo quốc gia có sự tham gia của đại diện nhiều bộ, ngành, cơ quan trung ương như Văn phòng Chính phủ, Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, các bộ, ngành liên quan, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, Thanh tra Chính phủ, Viện kiểm sát nhân dân tối cao, các cơ quan báo chí chủ lực cùng lực lượng công an, hải quan, bộ đội biên phòng, cảnh sát biển và quản lý thị trường.

Theo Quy chế, Ban Chỉ đạo quốc gia hoạt động thường xuyên thông qua các thành viên và Văn phòng Thường trực, trên cơ sở tuân thủ quy định của pháp luật, phân công nhiệm vụ rõ ràng, đề cao trách nhiệm cá nhân của Trưởng ban, các Phó Trưởng ban, các ủy viên và bảo đảm hiệu quả phối hợp liên ngành.

Các ủy viên Ban Chỉ đạo quốc gia chịu trách nhiệm trước Trưởng ban về công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả trong phạm vi quản lý của bộ, ngành mình cũng như các nhiệm vụ được giao.

Về sử dụng con dấu, Trưởng ban Chỉ đạo quốc gia sử dụng con dấu của Thủ tướng Chính phủ; các Phó Trưởng ban sử dụng con dấu của bộ, ngành mình; Văn phòng Thường trực sử dụng con dấu riêng. Đối với Ban Chỉ đạo tại các bộ, ngành và địa phương, việc sử dụng con dấu được thực hiện theo thẩm quyền của từng cơ quan, đơn vị.

Quy chế cũng xác định Văn phòng Thường trực là cơ quan tham mưu, giúp việc cho Trưởng ban và các Phó Trưởng ban trong điều hành, chỉ đạo hoạt động của Ban Chỉ đạo quốc gia. Văn phòng Thường trực thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Quyết định số 389/QĐ-TTg ngày 19/3/2014 của Thủ tướng Chính phủ và các quyết định sửa đổi, bổ sung liên quan; đồng thời có quy chế tổ chức và hoạt động riêng.

So với Quy chế hoạt động trước đây, Quy chế mới được xây dựng theo hướng hoàn thiện cả về tổ chức bộ máy và cơ chế vận hành. Trong đó, vai trò của Bộ Tài chính với tư cách Phó Trưởng ban Thường trực được làm rõ hơn trong công tác điều phối hoạt động chung, phối hợp liên ngành, hợp tác quốc tế, công tác tuyên truyền và bảo đảm điều kiện hoạt động cho Văn phòng Thường trực.

Quy chế cũng bổ sung cơ chế biệt phái cán bộ từ các bộ, ngành tham gia Văn phòng Thường trực, quy định cụ thể hơn về chế độ tài chính, trách nhiệm báo cáo, kiểm tra, giám sát và xử lý trách nhiệm trong công tác chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả, nhằm nâng cao hiệu quả chỉ đạo, điều hành trên phạm vi cả nước.