Trong đơn khởi kiện vụ án hành chính gửi lên Tòa án nhân dân thành phố ngày 4/7/2013, Công ty Cổ phần Sông Đà 909 (Mã CK: S99) cho biết, trong biên bản thanh tra thuế năm 2011, Đoàn Thanh tra Cục Thuế Hà Nội xác định công ty được giảm 50% thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp do niêm yết chứng khoán lần đầu năm 2006.

Tuy nhiên, ngày 7/12/2012, đơn vị này đã điều chỉnh lại Biên bản thanh tra và ra quyết định truy thu khoản miễn giảm nêu trên.

Không nhất trí với quyết định trên, Công ty Sông Đà 909 đã gửi văn bản khiếu nại đến Cục Thuế Hà Nội. Song trong văn bản trả lời (Quyết định 10498 ngày 11/4/2013), cơ quan Thuế vẫn giữ nguyên quyết định truy thu với số tiền gần 2,8 tỷ đồng.

	Trước khi Cục Thuế Hà Nội bị S99 kiện ra tòa, nhiều doanh nghiệp đã khiếu nại tới Tổng cục Thuế về việc bị truy thu thuế

"Việc Tổng cục Thuế và Cục Thuế thành phố Hà Nội ban hành quyết định để truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2009 với số tiền gần 2,8 tỷ đồng là trái với quy định của Bộ Tài chính và Chính phủ", văn bản của S99 viết.

Theo S99, việc truy thu có thể khiến công ty phá sản vì không có nguồn để nộp thuế thu nhập bị truy thu của năm 2009-2010 do đơn vị đã chia cổ tức của năm 2009-2010 (bao gồm cả số thuế được miễn giảm).

Trao đổi với phóng viên, một chuyên gia của Tổng cục thuế phát biểu với tư cách cá nhân đánh giá, việc truy thu thuế của S99 là hoàn toàn đúng pháp luật và chỉ đạo của cơ quan cấp trên.

"Vấn đề này Bộ Tài chính đã có văn bản hướng dẫn và quan điểm của Bộ là không phạt doanh nghiệp về việc chậm nộp thuế mà chỉ yêu cầu truy thu. Không riêng gì Sông Đà 909, còn có vài chục công ty khác cũng gặp trường hợp tương tự", vị này cho hay.

Không chỉ có với S99, nhiều doanh nghiệp khác cũng nhận được quyết định truy thu của cơ quan Thuế do sự không thống nhất giữa các luật, quy định hiện hành.

Có thể kể đến PepsiCo Việt Nam bị phát hiện khai sai mã số HS đối với mặt hàng thẻ in bằng plastic đặt trong bao bì sản phẩm, thẻ decal có dán hình đặt trong bao bì sản phẩm, khai sai mã số HS đối với dây chuyền đồng bộ thiết bị xử lý nước và áp dụng sai thuế suất thuế giá trị gia tăng (VAT) với một số mặt hàng nhập khẩu, áp dụng sai thuế suất thuế giá trị gia tăng và bị truy thu 7,4 tỷ đồng; Công ty cổ phần Lọc hóa dầu Nam Việt bị truy thu thuế trên 26 tỷ đồng...

Đặc biệt là Công ty Cổ phần Nhựa Bình Minh (Mã CK: BMP) với số tiền bị truy thu thuế lên tới 117 tỷ đồng. Nhiều công ty đã gửi đơn khiếu nại lên Tổng cục Thuế, Cục Thuế, song đây là lần đầu tiên Tòa án thụ lý một đơn khởi kiện của doanh nghiệp.

Theo kế hoạch, phiên xử sơ thẩm vụ Công ty Cổ phần Sông Đà 909 kiện Cục Thuế thành phố Hà Nội ra quyết định truy thu thuế trái quy định sẽ diễn ra sáng 13/1.

Như Tầm