Theo Thông tư, nguyên tắc kiểm soát, thanh toán qua Kho bạc Nhà nước là chi NSNN chỉ được thực hiện khi đã có trong dự toán ngân sách được giao, trừ trường hợp quy định tại Điều 51 của Luật NSNN; đã được thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách, chủ đầu tư hoặc người được ủy quyền quyết định chi, số dư tài khoản của đơn vị còn đủ để chi.

Kho bạc Nhà nước kiểm tra tính hợp pháp của chứng từ chi và các hồ sơ kèm theo chứng từ chi thuộc thủ tục hành chính gửi Kho bạc Nhà nước được quy định tại các Nghị định của Chính phủ. Trường hợp chứng từ chi và các hồ sơ kèm theo chứng từ chi đơn vị sử dụng ngân sách gửi Kho bạc Nhà nước cố tình giả mạo, thay thế nội dung, đơn vị sử dụng ngân sách chịu trách nhiệm theo quy định của pháp luật. 

Đối với các hồ sơ không thuộc thủ tục hành chính gửi Kho bạc Nhà nước được quy định tại các Nghị định của Chính phủ, đơn vị sử dụng ngân sách chịu trách nhiệm kiểm soát nội dung thanh toán, hồ sơ thanh toán theo đúng quy định của pháp luật. 

Kho bạc Nhà nước kiểm soát định mức (mức chi) theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật. Trường hợp các cơ quan, đơn vị đã được cấp có thẩm quyền cho phép thực hiện theo cơ chế tự chủ thì kiểm soát đảm bảo theo đúng quy chế chi tiêu nội bộ và phù hợp với dự toán được giao tự chủ. 

Các khoản chi tạm ứng và thanh toán bằng tiền mặt phải được thực hiện đúng theo quy định tại Thông tư hướng dẫn quản lý thu chi bằng tiền mặt qua hệ thống Kho bạc Nhà nước của Bộ Tài chính. 

Hai hình thức kiểm soát, thanh toán các khoản chi thường xuyên qua Kho bạc Nhà nước

Kho bạc Nhà nước thực hiện kiểm soát, thanh toán các khoản chi thường xuyên từ NSNN qua Kho bạc Nhà nước theo các hình thức sau:

1. Thanh toán trước, kiểm soát sau: Là hình thức thanh toán áp dụng đối với từng lần thanh toán của các hợp đồng thanh toán nhiều lần, trừ lần thanh toán cuối cùng. Sau khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ, hợp pháp, Kho bạc Nhà nước làm thủ tục thanh toán cho đối tượng thụ hưởng trong thời hạn 01 ngày làm việc; đồng thời, gửi 01 chứng từ báo nợ cho đơn vị để xác nhận đã thực hiện thanh toán, gửi 01 chứng từ báo có cho đơn vị (nếu đơn vị thụ hưởng mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước).

Trong thời hạn 01 ngày làm việc kể từ ngày thanh toán, Kho bạc Nhà nước thực hiện kiểm soát hồ sơ theo chế độ quy định.

2. Kiểm soát trước, thanh toán sau: Là hình thức thanh toán áp dụng đối với tất cả các khoản chi, trong đó, Kho bạc Nhà nước thực hiện kiểm soát, thanh toán theo đúng thời gian quy định tại Nghị định số 11/2020/NĐ-CP sau khi nhận đầy đủ hồ sơ hợp pháp, hợp lệ theo quy định.

Nội dung cụ thể kiểm soát chi qua Kho bạc Nhà nước

Thông tư nêu rõ, đối với một số nội dung chi cụ thể Kho bạc Nhà nước kiểm soát như sau:

Đối với các khoản chi lương và phụ cấp theo lương (các khoản phụ cấp theo lương theo hệ thống mục lục ngân sách hiện hành); tiền công lao động theo hợp đồng; tiền thu nhập tăng thêm, chi hỗ trợ, trợ cấp, phụ cấp khác, khoán, khen thưởng: Kho bạc nhà nước kiểm soát đảm bảo không vượt chỉ tiêu biên chế được cấp có thẩm quyền phê duyệt; không vượt số lượng lao động hợp đồng, theo đúng nguồn kinh phí thực hiện theo quy định tại Điều 7, Điều 8, Điều 9, Điều 12 Nghị định số 111/2022/NĐ-CP của Chính phủ về hợp đồng đối với một số loại công việc trong cơ quan hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập;

Kiểm tra, đảm bảo khớp đúng giữa chi tiết và tổng số; khớp đúng tổng số tiền trên Bảng thanh toán cho đối tượng thụ hưởng với Giấy rút dự toán/Ủy nhiệm chi đã được thủ trưởng đơn vị ký duyệt. 

Đối với khoản chi thu nhập tăng thêm: Đối với đơn vị sự nghiệp công lập do nhà nước đảm bảo chi thường xuyên (đơn vị nhóm 4): Kho bạc Nhà nước kiểm soát đảm bảo theo đúng Quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị và theo quy định tại khoản 2 Điều 22 Nghị định số 60/2021/NĐ-CP và khoản 3 Điều 10 Thông tư số 56/2022/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn một số nội dung về cơ chế tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập; xử lý tài sản, tài chính khi tổ chức lại, giải thể đơn vị sự nghiệp công lập.

Đối với cơ quan nhà nước thực hiện chế độ tự chủ: Kho bạc Nhà nước kiểm soát đảm bảo theo đúng Quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị và theo quy định tại Thông tư liên tịch số 71/2014/TTLT-BTC-BNV của Liên Bộ Tài chính và Bộ Nội vụ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan nhà nước.