Xác định công nghiệp là động lực chính để phát triển, bởi vậy, tỉnh Phú Yên chú trọng thu hút đầu tư vào ngành công nghiệp, nhất là luyện kim, lọc hóa dầu, năng lượng… với hạt nhân là Khu kinh tế Nam Phú Yên.