Ban chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng phương hướng, giải pháp giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành để đẩy nhanh tiến độ thực hiện dự án quan trọng quốc gia lĩnh vực đường sắt.