Cả 3 dự án cải tạo, nâng cấp hạ tầng trên tuyến đường sắt Bắc - Nam sắp được kiểm toán bởi Kiểm toán Nhà nước đều do Ban quản lý dự án đường sắt - Bộ Xây dựng làm chủ đầu tư.