Sau sáp nhập, Chi cục Hải quan khu vực XX đã ổn định tổ chức, nhưng còn nhiều khó khăn về nhân sự, cơ sở vật chất và công nghệ. Đơn vị đang nỗ lực phối hợp liên ngành, duy trì hoạt động xuất nhập khẩu và thu ngân sách hiệu quả, hướng tới phát triển bền vững.