Bệnh viêm não Nhật Bản có tỷ lệ tử vong và di chứng thần kinh cao, làm gia tăng gánh nặng cho gia đình và xã hội. Việc phát hiện muộn và điều trị chậm trễ đã để lại nhiều di chứng đáng tiếc cho các bệnh nhi.