Mặc dù đã hoàn tất các thủ tục và hệ thống xử lý môi trường, nhưng trong quá trình hoạt động, Công ty CP mía đường Tuy Hòa chưa tuân thủ và vi phạm các nội dung trong báo cáo ĐTM đã được phê duyệt.