Theo Quyết định, Chủ tịch Hội đồng là Bộ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Văn Thắng. Phó chủ tịch Hội đồng là Thứ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Thị Bích Ngọc. 

Các thành viên Hội đồng gồm: Thứ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ Bùi Hoàng Phương, Thứ trưởng Bộ Nội vụ Nguyễn Mạnh Khương; Thứ trưởng Bộ Công thương Phan Thị Thắng và Thứ trưởng Bộ Xây dựng Nguyễn Văn Sinh.

Hội đồng quản lý Quỹ là cơ quan quản lý Quỹ Hỗ trợ đầu tư, nhân danh Quỹ để quyết định, thực hiện chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của Quỹ được quy định tại Điều 9 Nghị định số 182/2024/NĐ-CР ngày 31/12/2024 của Chính phủ quy định về thành lập, quản lý và sử dụng Quỹ Hỗ trợ đầu tư.

Hội đồng quản lý Quỹ quyết định chiến lược, kế hoạch hoạt động 05 năm, hằng năm của Quỹ; Ban hành hoặc sửa đổi quy chế hoạt động của Quỹ; quản lý và sử dụng Quỹ theo đúng quy định của pháp luật, hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận, không vì mục tiêu bảo toàn nguồn tài chính của Quỹ; phê duyệt kế hoạch tài chính hằng năm của Quỹ.

Hội đồng quản lý Quỹ báo cáo Chính phủ xem xét phê duyệt về tổng mức hỗ trợ chi phí cho doanh nghiệp trên cơ sở định hướng phát triển kinh tế - xã hội, thu hút đầu tư từng thời kỳ và khả năng cân đối ngân sách nhà nước hằng năm; trên cơ sở đó, giao kế hoạch hỗ trợ chi phí cho từng địa phương để thực hiện, đồng thời gửi Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch để kiểm soát chi; phê duyệt các báo cáo định kỳ, báo cáo quyết toán Quỹ.

Đồng thời, giám sát, kiểm tra hoạt động của Cơ quan điều hành Quỹ trong việc chấp hành các quy định của pháp luật và thực hiện các nghị quyết, quyết định của Hội đồng; ban hành Quyết định hỗ trợ đầu tư cho các doanh nghiệp chưa đi vào hoạt động và doanh nghiệp thuộc đối tượng được hưởng hỗ trợ chi phí đầu tư ban đầu quy định tại mục 2 Chương III Nghị định số 182/2024/NĐ-CP ngày 31/12/2024; được sử dụng con dấu của Quỹ để thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của Hội đồng quản lý Quỹ; thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác do Thủ tướng Chính phủ quyết định.