Tuy nhiên, tới nay đã 10 năm, tiến độ đền bù giải tỏa của Dự án mới hoàn thành 99%. Dự án hiện còn 100 trường hợp chưa thể thực hiện đền bù giải tỏa, với tổng quỹ đất chưa thể đền bù hơn 4 ha.

Ông Nguyễn Thế Minh, Phó trưởng Ban quản lý dự án cho biết, Thủ Thiêm đang gặp khó khăn rất lớn từ vấn đề giải phóng mặt bằng, song Thành phố vẫn chưa có chỉ đạo cưỡng chế đối với các trường hợp này. Trong đó, tại tuyến đường chính phía bờ sông Sài Gòn bị vướng nhà thờ khiến tiến độ thực hiện tuyến đường tại đây không thể thực hiện được.

.

Đầu tháng 9/2015, báo cáo của UBND TP.HCM gửi Thủ tướng cho biết, hiện tại, mỗi ngày Thành phố phải chi trả số tiền 2,9 tỷ đồng mà Thành phố vay để phát triển khu đô thị Thủ Thiêm, phục vụ việc bồi thường giải phóng mặt bằng đối với các trường hợp còn lại, đầu tư hạ tầng trong Khu đô thị mới Thủ Thiêm, xây dựng quỹ nhà phục vụ tái định cư.

Việc đền bù giải phóng mặt bằng tại cầu Thủ Thiêm số 3 (kết nối giữa quận 7 và Thủ Thiêm) cũng được cho là vướng đền bù giải tỏa, khi số hộ dân bên quận 7 không chịu di dời.

Theo quy hoạch của Thành phố, Thủ Thiêm được cho là khu bờ Đông của sông Sài Gòn, còn phía bên quận 1 là bờ Tây. Tuy nhiên, sau khi được quy hoạch cũng như sau nhiều năm liên tục tổ chức hội thảo kêu gọi nhà đầu tư trong và ngoài nước đầu tư vào Thủ Thiêm thì tới nay mới chỉ có một đơn vị là Đại Quang Minh thực hiện các hạng mục đầu tư tại đây. Trong khi đó, những tuyến đường chính của Dự án vẫn đang triển khai và các chủ đầu tư khác còn quan sát, chưa chính thức triển khai xây dựng dự án trong khu đô thị lớn nhất này của Thành phố.