Tại Hội nghị, Ban Chấp hành Trung ương đã nêu cao tinh thần trách nhiệm, phát huy dân chủ, thẳng thắn thảo luận, đóng góp nhiều ý kiến quan trọng vào các Tờ trình, Báo cáo và các nội dung của Hội nghị. Bộ Chính trị đã tiếp thu tối đa các ý kiến xác đáng và giải trình những vấn đề còn có ý kiến khác nhau. Ban Chấp hành Trung ương đã thống nhất cao thông qua Nghị quyết của Hội nghị.

Phát biểu bế mạc Hội nghị, thay mặt Bộ Chính trị, Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng cho biết, Trung ương cơ bản tán thành với Tờ trình và dự thảo về Chương trình làm việc toàn khoá của Ban Chấp hành Trung ương khoá XII; dự thảo được chuẩn bị công phu, kỹ lưỡng; nội dung khá toàn diện, cơ bản thể hiện được chủ đề, tư tưởng chỉ đạo và các nhiệm vụ trọng tâm do Nghị quyết Đại hội XII của Đảng đề ra. Những vấn đề đưa vào Chương trình toàn khoá là những vấn đề quan trọng và cần thiết nhất, nhằm tập trung thực hiện thắng lợi Nghị quyết Đại hội XII của Đảng.

Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng bế mạc Hội nghị lần thứ hai Ban chấp hành Trung ương Đảng khóa XII

Để thực hiện tốt chương trình làm việc toàn khoá đã được Trung ương thông qua, ngay sau Hội nghị này, Bộ Chính trị sẽ chỉ đạo khẩn trương nghiên cứu, xây dựng kế hoạch triển khai một cách nghiêm túc; phân công cụ thể các tổ chức và cá nhân chịu trách nhiệm chuẩn bị các đề án.

Ban Chấp hành Trung ương đánh giá cao sự chuẩn bị, đồng tình về cơ bản với những nhận định, đánh giá, đề xuất nêu trong Tờ trình và các báo cáo của Ban cán sự đảng Chính phủ về Kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội 5 năm 2016 – 2020; đồng thời, bổ sung, nhấn mạnh thêm những nội dung quan trọng và giao Ban cán sự đảng Chính phủ chỉ đạo nghiêm túc quán triệt nghị quyết, kết luận của Trung ương, khẩn trương hoàn chỉnh văn bản, trình Quốc hội xem xét, thông qua Kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội 5 năm 2016 - 2020 tại Kỳ họp lần thứ 11 khoá XIII. Tiếp tục nghiên cứu, cập nhật, hoàn thiện Kế hoạch tài chính - ngân sách nhà nước trung hạn và Kế hoạch đầu tư công trung hạn trình Quốc hội khoá XIV xem xét, quyết định.

Về việc giới thiệu nhân sự lãnh đạo cấp cao của các cơ quan nhà nước, trên cơ sở quán triệt và thực hiện nhất quán phương hướng công tác nhân sự do Đại hội XII của Đảng thông qua; căn cứ vào thực tế đội ngũ cán bộ hiện có và yêu cầu về nâng cao chất lượng hoạt động của tổ chức bộ máy các cơ quan nhà nước, kết hợp yêu cầu trước mắt với việc chuẩn bị cho các khoá tiếp theo, bảo đảm tính kế thừa và phát triển; Ban Chấp hành Trung ương đã dân chủ thảo luận, xem xét kỹ lưỡng, lựa chọn phương án hợp lý nhất trong điều kiện có thể và đã đạt được sự nhất trí rất cao. 

Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng khẳng định, với những kết quả đã đạt được, Hội nghị lần thứ hai Ban Chấp hành Trung ương khoá XII đã thành công tốt đẹp.

Tổng Bí thư nhấn mạnh, sau Hội nghị này, cùng với việc lãnh đạo thực hiện tốt công tác nhân sự cấp cao tại Kỳ họp thứ 11, Quốc hội khoá XIII, sẽ tiếp tục kiện toàn lãnh đạo các cơ quan của Trung ương Đảng, các ban cán sự đảng và đảng đoàn ở những nơi có sự thay đổi nhân sự. Lãnh đạo, chỉ đạo triển khai việc nghiên cứu, quán triệt, xây dựng chương trình hành động, kế hoạch thực hiện Nghị quyết Đại hội XII của Đảng, gắn chặt với việc lãnh đạo thực hiện các nhiệm vụ kinh tế - xã hội, quốc phòng - an ninh, đối ngoại..., đồng thời tiếp tục chuẩn bị chu đáo để tiến hành thắng lợi cuộc bầu cử đại biểu Quốc hội khoá XIV và Hội đồng nhân dân các cấp nhiệm kỳ 2016 - 2021.