Theo kết luận thanh tra của Thanh tra Chính phủ về thu ngân sách tại các khu chế xuất và doanh nghiệp chế xuất tại Hà Nội, TP.HCM, Đồng Nai và Bình Dương, việc xác định giá thị trường trong giao dịch liên kết để chặn tình trạng chuyển giá rất khó, sự phối hợp giữa cơ quan thuế và hải quan cũng lỏng lẻo trong xác định căn cứ về giá trị thuế.