Theo số liệu mới được Tổng cục Thuế công bố, năm 2014, cơ quan thuế tiếp nhận gần 22.100 hồ sơ đề nghị hoàn thuế (không bao gồm hoàn thuế do người nộp thuế nộp thừa) với số tiền trên 98.970 tỷ đồng. Ngoài ra, cơ quan thuế còn phải tiếp nhận 1.816 hồ sơ đề nghị hoàn thuế năm 2013 chuyển sang để giải quyết tiếp với số tiền đề nghị hoàn là 8.746,5 tỷ đồng do năm 2013 cũng như nhiều năm trước đó, Quỹ Hoàn thuế GTGT bị “cháy”.

Ông Nguyễn Đại Trí, Phó tổng cục trưởng Tổng cục Thuế cho biết, năm 2014, cơ quan thuế chỉ hoàn thuế được tổng cộng 82.350 tỷ đồng, ngoài số tiền hoàn cho doanh nghiệp có số thuế được hoàn năm 2014 là 78.200 tỷ đồng; còn phải hoàn gần 2.452 tỷ đồng cho doanh nghiệp đã có quyết định hoàn thuế năm 2013 và 5.708 tỷ đồng cho hồ sơ hoàn thuế năm 2013 chuyển sang. Năm 2015, ngân sách tiếp tục phải hoàn thuế 6.602 tỷ đồng cho các quyết định hoàn thuế đã ban hành năm 2014 và hơn 10.635 tỷ đồng cho số hồ sơ đã tiếp nhận năm 2014, nhưng chưa giải quyết do Quỹ Hoàn thuế GTGT cạn nguồn. 

Như vậy, tổng số tiền hoàn thuế mà ngân sách nợ doanh nghiệp chỉ tính riêng năm 2014 là 17.237 tỷ đồng phải chuyển sang năm 2015 xử lý tiếp. Nếu ngân sách cũng bị phạt do chậm hoàn tương tự doanh nghiệp bị phạt do chậm nộp thuế với mức phạt 0,05%/ngày thì tính ra mỗi ngày, doanh nghiệp “mất oan” khoảng 8,62 tỷ đồng.

Nguyên nhân của việc ngân sách phải nợ tiền hoàn thuế chủ yếu là Quỹ Hoàn thuế GTGT luôn trong tình trạng căng thẳng, chứ không phải do công tác giải quyết thủ tục hoàn thuế. Theo ông Trí, chỉ có 2,9% số hồ sơ hoàn thuế chậm được giải quyết theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế (6 ngày đối với trường hợp hoàn thuế trước kiểm tra sau và 40 ngày đối với trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau).

“Việc chậm giải quyết hồ sơ hoàn thuế hầu hết là do vướng mắc trong quá trình giải quyết đối với hóa đơn mua vào của doanh nghiệp đang bị cơ quan công an điều tra chưa có kết luận; chờ xác minh hóa đơn của doanh nghiệp bán ra đang bị đình chỉ sử dụng do có thông báo bỏ địa chỉ kinh doanh; chờ xác minh của ngân hàng, hải quan về nguồn gốc thanh toán tiền; chờ đối chiếu tờ khai xuất - nhập khẩu với cơ quan hải quan…”, ông Trí cho biết.

Theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước hiện hành, toàn bộ các khoản thu, chi ngân sách phải được dự toán, tổng hợp đầy đủ vào ngân sách nhà nước. Các khoản chi ngân sách chỉ được thực hiện khi có dự toán được cấp có thẩm quyền giao. Hiện tại, khoản chi hoàn thuế GTGT được coi là chi ngân sách nhà nước, do Quốc hội quyết định trong dự toán chi hàng năm. Do tốc độ tăng trưởng kim ngạch xuất khẩu hầu như năm nào cũng cao hơn dự toán, khiến số chi hoàn thuế cao hơn dự toán đã được Quốc hội thông qua. Đây chính là nguyên nhân khiến Quỹ Hoàn thuế GTGT luôn bị “cháy”, buộc ngân sách nhà nước phải chậm tiền hoàn thuế.

Theo Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội, ông Phùng Quốc Hiển, toàn bộ tiền thu từ hoạt động nhập khẩu gồm thuế GTGT, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt được cân đối vào thu ngân sách, còn phần chi ra để hoàn thuế đối với hàng xuất khẩu được coi là khoản chi của ngân sách không chỉ dẫn đến Quỹ Hoàn thuế GTGT thường xuyên không đủ để hoàn thuế, mà còn không phản ánh chính xác số thực thu hàng năm của ngân sách và không phản ánh thực tế bội chi ngân sách nhà nước. Lý do là, nếu tính cả khoản mà ngân sách vay nợ qua phát hành trái phiếu chính phủ và khoản nợ tiền chậm hoàn thuế, thì năm 2014, bội chi ngân sách nhà nước phải cao hơn 6,3% GDP, chứ không phải chỉ có 5,3% GDP.

Để tránh gây thiệt hại cho doanh nghiệp, đồng thời cũng để ngân sách nhà nước phản ánh đúng thực chất, phản ánh đúng mức bội chi, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Sinh Hùng bày tỏ quan điểm đồng tình tách Quỹ Hoàn thuế GTGT ra khỏi cân đối ngân sách trong Luật Ngân sách nhà nước sửa đổi (dự kiến trình Quốc hội thông qua tại Kỳ họp thứ chín).

“Doanh nghiệp nhập khẩu nguyên nhiên vật liệu về để sản xuất, mình thu của họ 10 tỷ đồng tiền thuế các loại, khi họ xuất khẩu, mình phải trả lại tiền thuế GTGT cho họ 3 tỷ đồng. Nghĩa là ngân sách thực thu có 7 tỷ đồng mà đưa vào cân đối cả 10 tỷ đồng thì không phản ánh đúng số thực thu. Số tiền 3 tỷ đồng hoàn thuế là tiền của doanh nghiệp, ngân sách phải trả lại họ, chứ có phải của ngân sách đâu mà tính vào phần chi ra trong cân đối và phải chờ cấp có thẩm quyền phê duyệt”, Chủ tịch Nguyễn Sinh Hùng nhấn mạnh.