Dự án khơi thông sông Cổ Cò khiến xâm nhập mặn diễn ra mạnh, ảnh hưởng đến sản xuất nông nghiệp trên địa bàn Thị xã Điện Bàn (tỉnh Quảng Nam), đặc biệt mặn sẽ xâm nhập nghiêm trọng hơn trên sông Cẩm Lệ, ảnh hưởng đến cung cấp nước sinh hoạt cho TP. Đà Nẵng.