Theo tính toán của tỉnh Khánh Hòa, sơ bộ tổng mức đầu tư xây dựng Cảng hàng không Vân Phong giai đoạn đầu khoảng 7.892 tỷ đồng (chưa bao gồm lãi vay), đáp ứng phục vụ 1.500.000 hành khách/năm, tương đương 600 hành khách/giờ cao điểm.