Dù đã tiếp nhận và xây dựng phương án xử lý đối với hàng trăm cơ sở nhà, đất dôi dư sau sáp nhập, TP.HCM vẫn gặp nhiều vướng mắc về hồ sơ pháp lý, ranh giới sử dụng đất, tình trạng lấn chiếm.