Xác định có vai trò chủ mưu, cầm đầu trong vụ án, HĐXX đã tuyên phạt bị cáo Nguyễn Thanh Phong, cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm 20 năm tù. Nhiều cựu lãnh đạo, cán bộ đơn vị này cũng nhận mức án tương ứng với hành vi.