Cụ thể, Tổng cục Thuế đã có văn bản 2280/BTC-TCT xử lý vi phạm hành chính về thuế với Công ty cổ phần Nhựa An Phát Xanh, mã số thuế là 0800373586, có trụ sở tại lô CN11 + CN12, cụm công nghiệp An Đồng, thị trấn Nam Sách, huyện Nam Sách, tỉnh Hải Dương do ông Nguyễn Lê Trung làm Tổng giám đốc về hành vi khai sai dẫn tới thiếu số tiền thuế phải nộp theo quy định tại Nghị định 129/2013/NĐ-CP.

Theo đó, Công ty cổ phần Nhựa An Phát Xanh bị xử phạt hành chính  về hành vi khai sai dẫn tới thiếu số thuế phải nộp (theo tỷ lệ 20% trên số thuế truy thu truy hoàn) là 1,444 tỷ đồng và bị phạt về hành vi kê khai sai không dẫn tới thiếu số thuế phải nộp là 2,1 triệu đồng.

Để khắc phục hậu quả này, Tổng cục Thuế cũng đã tiến hành truy hoàn thuế giá trị gia tăng số tiền 5,277 tỷ đồng; truy hoàn kỳ hoàn thuế  giá trị gia tăng tháng 1/2019 là 795 triệu đồng; truy hoàn kỳ hoàn thuế  giá trị gia tăng tháng 3/2019 là 30,789 triệu đồng; truy hoàn kỳ hoàn thuế giá trị gia tăng tháng 4-5/2019 là 451,541 triêụ; truy hoàn kỳ hoàn thuế giá trị gia tăng tháng 9/2019 là 989,338 triệu đồng và truy hoàn kỳ hoàn thuế giá trị gia tăng tháng 12/2019 là 3,009 tỷ đồng.

Công ty cổ phần Nhựa An Phát Xanh còn bị Tổng cục Thuế truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp lên tới 389 triệu đồng, bao gồm truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2018 là 14,273 triệu đồng; truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2019 là 384,635 triệu đồng; truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp nộp thay nhà thầu nước ngoài năm 2017 là 2,2 triệu đồng, của năm 2018 là 2,6 triệu đồng và năm 2019 là 1,55 triệu đồng.

Ngoài ra, Công ty cổ phần Nhựa An Phát Xanh còn bị phạt tiền chậm nộp thuế là 725 try đồng theo mức 0,03%/ngày theo quy định hiện hành.

Số tiền truy thu truy hoàn, phạt kê khai sai, tiền chậm nộp này tổng cộng lên tới 7,596 tỷ đồng được tính tới thời điểm ngày 31/12/2020.