9 cơ quan này gồm các Bộ: Tư pháp, Ngoại giao, Công Thương, Tài chính, Giáo dục và Đào tạo; Học viện Chính trị quốc gia Hồ Chí Minh; Ngân hàng Phát triển Việt Nam; Đài Truyền hình Việt Nam; Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh (bộ, ngành).

Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư giao chi tiết danh mục dự án và mức kế hoạch đầu tư vốn từ nguồn thu để lại cho đầu tư nhưng chưa đưa vào cân đối ngân sách nhà nước giai đoạn 2016 - 2020 và năm 2018 cho từng bộ, ngành nêu trên; chủ trì kiểm tra, giám sát tình hình thực hiện kế hoạch đầu tư vốn từ nguồn thu để lại cho đầu tư nhưng chưa đưa vào cân đối ngân sách nhà nước giai đoạn 2016 - 2020 và năm 2018. Báo cáo Chính phủ tình hình thực hiện kế hoạch đầu tư vốn từ nguồn thu để lại cho đầu tư nhưng chưa đưa vào cân đối ngân sách nhà nước năm 2018.

Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư chịu trách nhiệm toàn diện trước Thủ tướng Chính phủ và các cơ quan thanh tra, kiểm toán về tính chính xác của các thông tin, số liệu và mức vốn phân bổ cho các dự án.

Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các bộ, ngành được giao kế hoạch đầu tư vốn từ nguồn thu để lại cho đầu tư nhưng chưa đưa vào cân đối ngân sách nhà nước giai đoạn 2016 - 2020 và năm 2018 thông báo cho các đơn vị danh mục và mức kế hoạch đầu tư vốn từ nguồn thu để lại cho đầu tư nhưng chưa đưa vào cân đối ngân sách nhà nước cho từng dự án theo quy định và gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính trước ngày 15/1/2019.

Bên cạnh đó, chỉ thực hiện giải ngân kế hoạch đầu tư vốn từ nguồn thu để lại cho đầu tư nhưng chưa đưa vào cân đối ngân sách nhà nước khi có nguồn thu thực tế và không vượt quá tổng mức vốn được giao và số thu thực tế. Trường hợp số chi đầu tư trong kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016 - 2020 không đạt dự kiến, các bộ, ngành thực hiện rà soát, cắt giảm quy mô, điều chỉnh quyết định đầu tư, xác định điểm dừng kỹ thuật, phân kỳ đầu tư để hoàn thành dự án theo tiến độ, phát huy hiệu quả đầu tư, không để xảy ra nợ đọng xây dựng cơ bản.