Ban Quản lý Khu kinh tế Phú Quốc lập trên cơ sở tổ chức lại Ban Quản lý đầu tư phát triển đảo Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang.

Ban Quản lý là cơ quan trực thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh Kiên Giang, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với Khu kinh tế Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang; quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác có liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh cho nhà đầu tư trong Khu kinh tế Phú Quốc, tỉnh Kiên Giang theo quy định của pháp luật.

Ban Quản lý thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều 151 Luật Đất đai; Điều 81 Nghị định 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư; các Điều 37 và 38 Nghị định 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế và Khoản 21 Điều 1 Nghị định 164/2013/NĐ-CP ngày 12/11/2013 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 29/2008/NĐ-CP; Điều 53 Nghị định số 43/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Đất đai.

Ban Quản lý có Trưởng ban và không quá 3 Phó Trưởng ban. Cơ cấu tổ chức của Ban Quản lý, gồm: Văn phòng, các phòng chuyên môn, nghiệp vụ và đơn vị sự nghiệp.