Thông tư số 20/2026/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành đã bổ sung nhiều quy định mới liên quan đến hồ sơ chi tài trợ y tế, tạo khuôn khổ pháp lý chặt chẽ và minh bạch hơn trong việc xác định chi phí được trừ. Tuy nhiên, do Thông tư có hiệu lực từ tháng 3/2026, nhiều doanh nghiệp đặt vấn đề về việc áp dụng đối với các khoản chi đã phát sinh trong năm 2025.

Nội dung này đã được quy định rõ tại điều khoản chuyển tiếp nhằm bảo đảm quyền lợi và tránh xáo trộn cho doanh nghiệp. Cụ thể, theo Khoản 2 Điều 10 Thông tư số 20/2026/TT-BTC ngày 12/3/2026, các khoản chi tài trợ y tế phát sinh trước thời điểm Thông tư có hiệu lực tiếp tục áp dụng theo quy định tại Thông tư số 96/2015/TT-BTC cho kỳ tính thuế năm 2025.

Như vậy, doanh nghiệp không phải điều chỉnh lại hồ sơ theo quy định mới đối với các khoản chi đã phát sinh, đồng thời chỉ bắt đầu áp dụng các yêu cầu mới từ kỳ tính thuế năm 2026 trở đi.

Công chức Thuế cơ sở 6 hỗ trợ giải đáp các vướng mắc trong quá trình quyết toán thuế. Ảnh: Trung Kiên.

Trong thực tiễn, một tình huống phổ biến là doanh nghiệp tổ chức các chương trình du lịch, khuyến khích dành cho khách hàng đạt doanh số cao. Đối với các chương trình có giá trị lớn được xây dựng từ năm 2025 nhưng thực hiện vào năm 2026, việc hạch toán chi phí cần tuân thủ đồng thời quy định của pháp luật thương mại và nguyên tắc kế toán thuế.

Theo Khoản 23 Điều 10 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025, nếu chương trình thuộc diện phải đăng ký với cơ quan nhà nước theo quy định của pháp luật thương mại, doanh nghiệp bắt buộc phải hoàn tất thủ tục này.

Về nguyên tắc thuế, chi phí chỉ được tính vào chi phí được trừ khi thực tế phát sinh, có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp và thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt. Đặc biệt, doanh nghiệp không được trích trước chi phí vào năm 2025 đối với chương trình thực hiện trong năm 2026, trừ một số trường hợp đặc thù được pháp luật cho phép. Thời điểm ghi nhận chi phí phải gắn với thời điểm phát sinh thực tế.

Một thay đổi đáng chú ý khác liên quan đến quy định thanh toán khi thu mua nông sản trực tiếp từ người dân. Theo Khoản 1 Điều 9 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP, các khoản chi từ 5 triệu đồng trở lên bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt mới được tính vào chi phí được trừ.

Trong trường hợp thu mua nông sản như bắp khô, mì lát từ nông dân không có hóa đơn, doanh nghiệp vẫn được lập Bảng kê theo mẫu số 01/TNDN. Tuy nhiên, nếu giá trị từng lần thanh toán vượt 5 triệu đồng thì vẫn phải thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt, nếu không sẽ không đủ điều kiện tính vào chi phí hợp lý.

Quy định này được áp dụng thống nhất, không có ngoại lệ đối với trường hợp cá nhân chưa có tài khoản ngân hàng. Do đó, doanh nghiệp cần chủ động điều chỉnh phương thức thanh toán, ví dụ thông qua tổ chức trung gian hoặc các hình thức thanh toán hợp pháp khác, để bảo đảm tuân thủ quy định.

Đối với chi trả tiền lương, chính sách mới cũng siết chặt nhằm tăng tính minh bạch trong quản lý thu nhập. Theo Khoản 1 Điều 9 và Khoản 8 Điều 10 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP, các khoản chi trả tiền lương, tiền công từ 5 triệu đồng trở lên cho người lao động phải thực hiện thanh toán không dùng tiền mặt thì mới được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp.

Các hình thức thanh toán không dùng tiền mặt hợp lệ được thực hiện theo quy định tại Điều 26 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 1/7/2025. Trên cơ sở đó, doanh nghiệp cần rà soát lại quy chế lương, thưởng và toàn bộ phương thức chi trả thu nhập để bảo đảm tất cả các khoản chi từ ngưỡng 5 triệu đồng trở lên đều đáp ứng điều kiện thanh toán theo quy định.

Có thể thấy, các quy định mới đang hướng tới mục tiêu tăng cường minh bạch, kiểm soát dòng tiền và chuẩn hóa chi phí được trừ trong hoạt động sản xuất, kinh doanh. Điều này đòi hỏi doanh nghiệp không chỉ cập nhật kịp thời chính sách mà còn chủ động điều chỉnh quy trình kế toán, tài chính để hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế thực hiện thanh tra, kiểm tra.