Đề án nhằm phát triển nền nông nghiệp hữu cơ có giá trị gia tăng cao, bền vững, thân thiện với môi trường sinh thái, gắn với kinh tế nông nghiệp tuần hoàn phục vụ tiêu dùng trong nước và xuất khẩu. Sản phẩm nông nghiệp hữu cơ được chứng nhận phù hợp với tiêu chuẩn nông nghiệp hữu cơ của khu vực và thế giới; đưa Việt Nam trở thành quốc gia có trình độ sản xuất nông nghiệp hữu cơ ngang bằng các nước tiên tiến trên thế giới.

Mục tiêu cụ thể là đến năm 2025, diện tích nhóm đất nông nghiệp sản xuất hữu cơ đạt khoảng 1,5 - 2% tổng diện tích nhóm đất nông nghiệp; diện tích đất trồng trọt hữu cơ đạt khoảng trên 1% tổng diện tích đất trồng trọt với các cây trồng chủ lực như: lúa, rau đậu các loại, cây ăn quả, chè, hồ tiêu, cà phê, điều, dừa...

Tỷ lệ sản phẩm chăn nuôi hữu cơ đạt khoảng 1 - 2% tính trên tổng sản phẩm chăn nuôi sản xuất trong nước. Các sản phẩm chăn nuôi được chứng nhận hữu cơ theo tiềm năng thế mạnh được ưu tiên như sữa, sản phẩm mật ong, sản phẩm yến sào, thịt gia súc gia cầm. Diện tích nuôi trồng thủy sản hữu cơ đạt khoảng 0,5 - 1,5% tổng diện tích nuôi trồng thủy sản, trong đó một số loài thủy đặc sản có giá trị kinh tế như: tôm nước lợ, tôm càng xanh, các loài thủy sản bản địa...

Bên cạnh đó, Đề án hướng tới nâng cao hiệu quả của sản xuất hữu cơ trên một đơn vị diện tích; giá trị sản phẩm trên 1 ha đất trồng trọt và nuôi trồng thủy sản hữu cơ cao gấp 1,3-1,5 lần so với sản xuất phi hữu cơ...

Nhiệm vụ chủ yếu đặt ra để đạt được các mục tiêu trên là phát triển các vùng sản xuất nông nghiệp hữu cơ tập trung và các sản phẩm hữu cơ chủ lực; phát triển đa dạng các hình thức tổ chức sản xuất sản phẩm hữu cơ; nghiên cứu phát triển và ứng dụng công nghệ trong nông nghiệp hữu cơ; phát triển các tổ chức chứng nhận, hoàn thiện hệ thống tiêu chuẩn, quy chuẩn và quy trình kỹ thuật; tăng cường chế biến, tiêu thụ và xuất khẩu sản phẩn hữu cơ.