Mặc dù đã tổ chức kỳ thi riêng, nhưng Trường THCS và THPT Nguyễn Tất Thành vẫn dành chỉ tiêu tuyển sinh dựa vào kết quả thi của Sở GD&ĐT Hà Nội. Theo đó học sinh phải đạt 45,5 điểm mới đỗ vào trường.