Đại học Quốc gia Hà Nội đang tồn tại nhiều vấn đề về quản lý đề tài nghiên cứu khoa học, có dấu hiệu lừa dối trong nghiên cứu khoa học; thu học phí, trích lập và sử dụng quỹ học bổng, gây thiếu hụt gần 95 tỷ đồng.