Sản lượng nhập khẩu thấp hơn so với hạn mức; tại một số thời điểm không đảm bảo dự trữ lưu thông 30 ngày; mua xăng dầu của các đơn vị không phải là doanh nghiệp đầu mối nhập khẩu xăng dầu; bán giá vùng 2 cao vọt so với quy định…là những tồn tại được kiểm toán nêu.