Cho dù công tác tổ chức quản lý, triển khai thi công khá bài bản, chuyên nghiệp, nhưng Dự án Xây dựng cầu Nhật Tân và đường dẫn hai đầu cầu vẫn để xảy ra một số sai sót, hạn chế, ảnh hưởng tới hiệu quả đầu tư công trình.

Hàng loạt dự án quy mô lớn sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) đã và đang được đẩy nhanh tiến độ, nhờ vậy, giải ngân vốn ODA đã có sự đột phá mạnh mẽ.

Ban quản lý dự án 85 (Bộ Giao thông vận tải) đang đốc thúc các nhà thầu Nhật Bản đẩy nhanh tiến độ thi công 3 gói thầu xây lắp chính để có thể đưa vào khai thác công trình cầu Nhật Tân và hệ thống đường dẫn trị giá  13.626 tỷ đồng vào tháng 10/2014.                              

Nhiều khả năng, khoản tiền 156 tỷ đồng để thanh toán chi phí chậm bàn giao mặt bằng gói thầu số 3, Dự án xây dựng cầu Nhật Tân cho nhà thầu Tokyu sẽ được lấy từ phần vốn dư tại chính gói thầu này.