Khu công nghiệp Phù Mỹ quy hoạch rộng hơn 820 ha, được phân kỳ đầu tư gồm giai đoạn 1 rộng 200 ha, giai đoạn 2 rộng 236,87 ha và giai đoạn 3 rộng 384,06 ha.