Các bệnh viện công khi tự chủ sẽ được tự chủ về tổ chức nhân sự, tổ chức hoạt động chuyên môn và các hoạt động khác theo Luật Khám bệnh, chữa bệnh và các luật khác liên quan.
Chính phủ đề nghị tổ chức khám chữa bệnh theo cấp ban đầu, cấp cơ bản, cấp chuyên sâu thay vì phân định hệ thống cơ sở khám chữa bệnh thành 4 tuyến tương ứng với 4 cấp hành chính