Nhiều quy định không tương thích giữa Luật Đầu tư và các quy định của luật khác vẫn chưa được giải quyết gây khó cho các nhà đầu tư trong quá trình làm thủ tục xin quyết định chủ trương đầu tư hay giấy chứng nhận đầu tư.