Tình trạng không có Hiệu trưởng đang gây nhiều khó khăn trong hoạt động của Trường Đại học Bách khoa Hà Nội, từ việc quyết định các chủ trương lớn như hợp tác nghiên cứu, đào tạo… đến việc ký bằng tốt nghiệp cho các kỹ sư, cử nhân, thạc sỹ, tiến sỹ…