Theo đó, tới thời điểm trên, tổng số tiền thu phí hạ tầng cảng biển TP.HCM được khoảng 7.961 tỷ đồng, Trong đó năm 2022 thu được 1.862,45 tỷ đồng, đạt 94,6% kế hoạch; năm 2023 thu 2.036,22 tỷ đồng, đạt 101,8%; năm 2024 thu 2.151,24 tỷ đồng, đạt 102,43%; năm 2025 thu 1.911,16 tỷ đồng, đạt 88,89%. Số nợ phí sau 3 năm còn lại khoảng 108,5 tỷ đồng.

Dù vậy theo UBND TP.HCM, công tác thu còn nhiều khó khăn do chưa có chế tài xử lý trường hợp không nộp phí. Giao diện, hệ thống thu phí, chia sẻ dữ liệu hải quan còn gián đoạn. Hơn 2.900 doanh nghiệp nợ phí dưới 10.000 đồng; gần 2.000 doanh nghiệp nợ phí nhưng không còn hoạt động. Khoảng 62.966 tờ khai nộp sai phí do khai báo sai thông tin.

Theo quy định, toàn bộ nguồn thu phí hạ tầng cảng biển sau khi trừ chi phí thu được nộp ngân sách và dùng để đầu tư các công trình giao thông kết nối cảng biển. Vì thế Sở Xây dựng đã đề xuất 27 công trình ưu tiên, trong đó 17/24 dự án đã và đang được bố trí vốn đầu tư với tổng kế hoạch vốn trung hạn hơn 23.980 tỷ đồng. 

Từ ngày 1/4/2022 đến 31/10/2025, tổng số tiền thu phí hạ tầng cảng biển TP.HCM được khoảng 7.961 tỷ đồng

Để thực hiện tốt công tác thu phí cũng như khắc phục các hạn chế và mở rộng địa bàn áp dụng sau khi sáp nhập địa giới hành chính từ các tỉnh Bà Rịa Vũng Tàu, Bình Dương vào TP.HCM cùng với mô hình chính quyền hai cấp, UBND TP.HCM đề xuất HĐND  Thành phố ban hành Nghị quyết mới thay thế các Nghị quyết liên quan mức thu phí sử dụng công trình kết cấu hạ tầng, công trình dịch vụ, tiện ích công cộng trong khu vực cửa khẩu cảng biển trên địa bàn Thành phố trước khi sáp nhập.

Về đầu tư hạ tầng giao thông kết nối khu vực cảng biển, theo UBND TP.HCM, tỷ lệ thu phí tại cụm cảng Cát Lái: 70,3%, Cụm cảng Trường Thọ: 10,5%, Cụm cảng sông Sài Gòn: 4,9%, Cụm cảng sông Nhà Bè: 4,2%, Khu vực khác (kho ngoại quan, CFS, khu chế xuất...): 10%. Từ số liệu trên cho thấy, sản lượng hàng hóa qua cụm cảng Cát Lái là chủ yếu.

Vì vậy, Thành phố kiến nghị ưu tiên bố trí vốn cho các công trình giao thông kết nối khu vực cảng biển phía Đông Thành phố, cụ thể: Vành đai 2, đường Nguyễn Duy Trinh, nút giao Mỹ Thủy, nút giao An Phú và đoạn từ nút giao An Phú đến cao tốc Long Thành - Dầu Giây để các doanh nghiệp thấy được thành quả của việc nộp phí hạ tầng cảng biển từ đó nâng cao việc chấp hành nộp phí.