Dự kiến, quá trình thi công ga S12 sẽ phải rào chắn đường Trần Hưng Đạo với tổng chiều dài 202 m; đồng thời thu hẹp lòng đường đoạn từ nút giao Lê Duẩn đến đối diện tòa nhà ngân hàng Đại Dương còn lại 5 m để tổ chức giao thông theo một chiều từ hướng Lê Duẩn đi vào Quán Sứ. Sau khi rào chắn, đoạn đường Trần Hưng Đạo (từ đường Lê Duẩn đến Ngân hàng Đại Dương) sẽ chỉ còn 5 m mặt đường

Các phương tiện có nhu cầu vào Bệnh viện Tim Hà Nội được phép lưu thông 2 chiều trên tuyến đường Trần Hưng Đạo đoạn từ cổng Viện tim Hà Nội đến Quán Sứ. Với các toà nhà phía Bắc ga, sẽ để lối đi có chiều rộng trung bình khoảng 1,2 m cho người đi bộ và phương tiện xe máy lưu thông 2 chiều.

Riêng khu vực đầu ngân hàng Vietinbank để lối đi rộng 3 m. Khu vực đường Phan Bội Châu tạm thời rào lại, tổ chức giao thông cục bộ cho người dân khu vực thuộc tuyến đường từ Phan Bội Châu - Lý Thường Kiệt - Trần Hưng Đạo.

Đại diện Trung tâm điều hành giao thông đô thị Hà Nội cũng cho biết, đã nghiên cứu, điều chỉnh 2 tuyến buýt 03A, 11 đi theo lộ trình: Trần Hưng Đạo - Quán Sứ - Lý Thường Kiệt - Lê Duẩn; giữ nguyên 2 tuyến là tuyến số 38 và tuyến Bảo Yến đi theo hướng Lê Duẩn - Trần Hưng Đạo. Sau thời gian vận hành thử từ 5 - 10 ngày, khi giao thông đi lại ổn định thì tiến hành rào chắn chính thức. Tiến độ thi công nhà ga S12 dự kiến trong khoảng 459 ngày (tương đương 15 tháng).