Theo đó, về các giai đoạn triển khai: Chương trình cho vay theo 02 giai đoạn (căn cứ theo 02 giai đoạn triển khai Đề án theo Quyết định 1490), trong đó giai đoạn thí điểm từ nay tới cuối năm 2025 do Agribank là ngân hàng chủ lực cho vay và giai đoạn mở rộng từ khi kết thúc thí điểm tới năm 2030 tại các tổ chức tín dụng (TCTD).

Về nguồn lực và nguyên tắc cho vay: TCTD thực hiện cho vay bằng nguồn vốn tự huy động của TCTD; do đó, việc cho vay được thực hiện theo cơ chế thương mại với các điều kiện cho vay theo quy định hiện hành của TCTD đối với khách hàng.

Về thời hạn và mục đích cho vay: Đáp ứng nhu cầu vốn ngắn, trung, dài hạn của tất cả các khâu (sản xuất, thu mua, chế biến, tiêu thụ) trong liên kết lúa gạo.

Về lãi suất cho vay: TCTD chủ động cân đối nguồn vốn, tiết giảm chi phí để xem xét áp dụng lãi suất cho vay thấp hơn tối thiểu 1%/năm so với lãi suất cho vay của kỳ hạn tương ứng đang áp dụng đối với khách hàng cùng kỳ hạn/cùng nhóm.

Về khả năng giải ngân: Hiện nay Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, UBND các tỉnh, TP chưa công bố định mức chi phí thực tế thực hiện khâu sản xuất lúa gạo trong liên kết lúa gạo và xác định, công bố các vùng chuyên canh, các liên kết và chủ thể tham gia liên kết theo Quyết định 1490 nên các TCTD chưa có cơ sở đánh giá về nhu cầu vốn phục vụ các chuỗi liên kết theo Đề án. Tuy nhiên, về nguyên tắc, khả năng giải ngân phụ thuộc vào khả năng hấp thụ vốn thực tế của các chủ thể tham gia liên kết.

Ngoài ưu đãi về mức giảm lãi suất tối thiểu 01% nêu trên, các chủ thể tham gia liên kết lúa gạo còn được hưởng nhiều ưu đãi khác theo quy định tại theo Nghị định 55/2015/NĐ-CP ngày 09/6/2015, Nghị định 116/2018/NĐ-CP ngày 07/9/2018 của Chính phủ về chính sách tín dụng phục vụ phát triển nông nghiệp.

Cụ thể: Mức cho vay không có tài sản bảo đảm tối đa là từ 100 triệu đồng đến 03 tỷ đồng (tùy đối tượng khách hàng cá nhân, tổ hợp tác, hợp tác xã); Chính sách cho vay khuyến khích sản xuất nông nghiệp theo mô hình liên kết, nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao với mức cho vay không có tài sản bảo đảm lên đến 70%-80% giá trị phương án, dự án; đồng thời, quy định về quản lý dòng tiền trong cho vay liên kết nông nghiệp nhằm hạn chế rủi ro, khuyến khích TCTD đẩy mạnh cho vay.

Ngoài ra, tổ chức tín dụng được áp dụng cơ chế xử lý nợ đặc thù như: Cơ cấu lại thời hạn trả nợ và giữ nguyên nhóm nợ đối với khách hàng gặp khó khăn do nguyên nhân khách quan, bất khả kháng; Cơ chế khoanh nợ đối với khách hàng gặp rủi ro do thiên tai, dịch bệnh trên phạm vi rộng hoặc khách hàng là tổ chức đầu mối liên kết, doanh nghiệp ứng dụng công nghệ cao gặp rủi ro do nguyên nhân khách quan, bất khả kháng.

Đồng thời, tổ chức tín dụng được  áp dụng chính sách khuyến khích người dân mua bảo hiểm trong nông nghiệp thông qua giảm lãi suất cho vay với mức tối thiểu 0,2%/năm so với lãi suất của các khoản cho vay cùng loại và có thời hạn tương ứng.​