Theo Thông tư mới, doanh nghiệp được quyền tổ chức bộ máy kế toán và lựa chọn phương án kế toán phù hợp với đặc điểm sản xuất kinh doanh và mô hình quản trị của đơn vị, miễn là tuân thủ pháp luật.

Thông tư cho phép doanh nghiệp quyết định việc phân cấp cho đơn vị trực thuộc trong nhiều khâu quan trọng như ghi nhận vốn do công ty mẹ cấp là nợ phải trả hay vốn chủ sở hữu; ghi nhận hoặc không ghi nhận doanh thu, giá vốn khi luân chuyển hàng hóa, dịch vụ nội bộ, bất kể sử dụng hóa đơn hay chứng từ luân chuyển nội bộ. Điều này giúp doanh nghiệp linh hoạt hơn trong kiểm soát nội bộ và quản trị chi phí.

Ảnh minh họa.

Đối với báo cáo tài chính, Thông tư cho phép doanh nghiệp tự lựa chọn: phân cấp để đơn vị trực thuộc tự lập báo cáo tài chính, hoặc không phân cấp, phụ thuộc vào nhu cầu quản lý. Tuy nhiên, báo cáo tài chính chính thức nộp cơ quan Nhà nước hoặc công khai theo luật đều bắt buộc phải bao gồm số liệu đầy đủ của cả doanh nghiệp và các đơn vị trực thuộc, dù có phân cấp hay không. Quy định này bảo đảm tính minh bạch, phản ánh đúng bức tranh tài chính của doanh nghiệp.

Thông tư 99 cũng quy định cụ thể về việc sử dụng phần mềm kế toán. Doanh nghiệp có thể dùng bất kỳ phần mềm nào, miễn là bảo đảm đúng nguyên tắc kế toán, thuế và các quy định liên quan.

Phần mềm kế toán phải xử lý dữ liệu chính xác, không trùng lặp, có khả năng lưu lại dấu vết chỉnh sửa theo trình tự thời gian; bảo mật thông tin và ngăn chặn can thiệp trái phép. Hệ thống phần mềm phải có khả năng kết nối hoặc sẵn sàng kết nối với các ứng dụng liên quan như hóa đơn điện tử, chữ ký số, hoặc cập nhật thay đổi của pháp luật.

Ngoài ra, phần mềm kế toán phải đảm bảo cung cấp kịp thời thông tin, dữ liệu đầu ra khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu. Đây là yêu cầu quan trọng nhằm tăng tính minh bạch, phục vụ thanh tra, kiểm toán và các hoạt động nghiệp vụ của doanh nghiệp.

Với Thông tư 99, Bộ Tài chính cũng nêu rõ trách nhiệm của người quản lý doanh nghiệp, kế toán trưởng và những cá nhân liên quan đối với số liệu kế toán được tạo từ phần mềm. Trường hợp số liệu sai lệch, không chính xác hoặc không đảm bảo tính trung thực, người ký xác nhận sẽ phải chịu trách nhiệm trước pháp luật.

Với nhiều quy định mở, Thông tư 99 tạo điều kiện cho các doanh nghiệp linh hoạt hơn trong tổ chức kế toán, tận dụng công nghệ, giảm thủ tục hành chính và nâng cao hiệu quả quản trị tài chính. Việc áp dụng từ năm 2026 cũng tạo khoảng thời gian chuẩn bị để doanh nghiệp rà soát hệ thống phần mềm, quy trình kiểm soát nội bộ và năng lực nhân sự.