Các văn bản kiến nghị đã liên tiếp được Công ty TNHH Nước giải khát Suntory PepsiCo Việt Nam gửi lên Thủ tướng Chính phủ, Bộ Tài chính trong thời gian qua. PepsiCo muốn dự án ở Cần Thơ được hưởng ưu đãi đầu tư đúng như Giấy chứng nhận đầu tư đã được cấp.

Câu chuyện bắt đầu từ năm 2008, khi Suntory PepsiCo (có trụ sở tại TP.HCM) quyết định đầu tư một nhà máy sản xuất ở Cần Thơ, nhưng lại dưới hình thức chi nhánh. Dự án được Ban quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp Cần Thơ cấp giấy chứng nhận đầu tư và theo đó, Công ty được hưởng mức thuế thu nhập doanh nghiệp 15% trong 12 năm, miễn 3 năm và giảm 50% trong 7 năm tiếp theo. Tuy nhiên, năm 2012, khi Tổng cục Thuế thanh tra tại doanh nghiệp lại cho rằng, chi nhánh Cần Thơ của Suntory PepsiCo không được hưởng các chính sách ưu đãi đầu tư này.

Không phân định rõ dự án mở rộng hay đầu tư mới là nguyên nhân khiến PepsiCo không được hưởng ưu đãi đầu tư. Ảnh: Hà Thanh

Vấn đề nằm ở chỗ, Tổng cục Thuế xác định đó chỉ là dự án đầu tư mở rộng, trong khi cơ quan chức năng TP. Cần Thơ lại xác định đó là dự án đầu tư mới.

Vào thời điểm đó, đang có một sự khác nhau giữa chính sách ưu đãi đầu tư giữa dự án mới và dự án mở rộng. Nếu là dự án mở rộng, thì chỉ được miễn 3 năm và giảm 50% số thuế phải nộp cho 5 năm tiếp theo, mà không được ưu đãi về thuế suất. Trong khi nếu là dự án mới, mức ưu đãi giống như đã được ghi trên giấy chứng nhận đầu tư.

Thêm nữa, cũng vào thời điểm này, đang có một sự khác nhau cơ bản giữa pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp và pháp luật về đầu tư. Cụ thể, pháp luật về đầu tư khuyến khích đầu tư đối với dự án đầu tư mới, còn pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp lại có phân định khác nhau giữa ưu đãi đầu tư đối với doanh nghiệp được thành lập mới từ dự án đầu tư (khác dự án đầu tư) với dự án đầu tư mới (không kể quy mô) chỉ được ưu đãi theo diện mở rộng đầu tư.

Đồng thời, trong khoảng thời gian 2009 - 2013, các quy định về ưu đãi đối với dự án đầu tư mở rộng cũng đã có sự thay đổi đáng kể. Trước năm 2009, dự án đầu tư mở rộng vẫn được hưởng ưu đãi đầu tư, nhưng từ năm 2009 đến năm 2013 thì lại không, theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.

Những sự khác nhau trong chính sách pháp luật này đã khiến các cơ quan quản lý lấn bấn, còn nhà đầu tư thì sốt ruột vì cho rằng, cơ quan chức năng “tiền hậu bất nhất”.

Một cách thẳng thắn, Suntory PepsiCo cho rằng, việc chi nhánh Cần Thơ của họ được hưởng các ưu đãi thuế theo giấy chứng nhận đầu tư do Ban Quản lý các Khu chế xuất và công nghiệp Cần Thơ là cơ quan nhà nước có đủ thẩm quyền cấp, là hoàn toàn phù hợp với quy định của pháp luật Việt Nam.

Còn UBND TP. Cần Thơ cũng khẳng định, vì khi cấp giấy chứng nhận đầu tư cho Suntory PepsiCo, Ban quản lý đã xác định đây là dự án mới nên đã đề nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính cho nhà đầu tư được hưởng ưu đãi đầu tư giống như đã ghi trên giấy chứng nhận đầu tư.

Trên thực tế, Suntory PepsiCo cũng không phải trường hợp duy nhất vướng tình huống này. Công ty TNHH Yamaha Motor Việt Nam cũng đã từng như vậy.

Việc trong giai đoạn 2009 - 2013, các dự án đầu tư mở rộng không được hưởng ưu đãi đầu tư cũng đã khiến nhiều nhà đầu tư, đặc biệt là các nhà đầu tư nước ngoài bức xúc.

Tuy nhiên, sau nhiều kiến nghị, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp đã được sửa đổi vào năm 2013 và cho đến nay, việc ưu đãi đầu tư đã được xác định theo dự án và dự án đầu tư mở rộng cũng đã được ưu đãi đầu tư giống như dự án đầu tư mới.

Cũng chính bởi thế, để đảm bảo môi trường kinh doanh, đảm bảo những cam kết của cơ quan nhà nước đối với doanh nghiệp, tránh khiếu kiện kéo dài, Bộ Tài chính mới đây đã có công văn gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư đề xuất hướng giải quyết và đề nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho ý kiến.

Cụ thể, Bộ Tài chính dự kiến báo cáo Thủ tướng Chính phủ cho phép thực hiện ưu đãi đối với Công ty Suntory PepsiCo như đề nghị của doanh nghiệp và UBND TP. Cần Thơ. Bộ Tài chính thậm chí cũng đã viện dẫn trường hợp của Công ty TNHH Yamaha Motor Việt Nam để khẳng định xử lý như vậy là hợp lý.