Quốc hội nghe Bộ trưởng Bộ Tài chính báo cáo giải trình trước khi bấm nút thông qua.

Với 421/424 đại biểu có mặt tán thành, Quốc hội đã thông qua Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT), gồm 2 điều, có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2026.

Chỉ dài hơn 400 chữ, nhưng 3 nội dung sửa đổi tại Luật được đánh giá là có tác động quan trọng, ảnh hưởng trực tiếp đến hàng triệu hộ nông dân, hợp tác xã và doanh nghiệp, đặc biệt trong lĩnh vực nông sản.

Cụ thể, Luật đưa lại nội dung đã quy định tại Luật Thuế GTGT năm 2016 về việc doanh nghiệp hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã không phải tính thuế GTGT nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác.

Cũng trong lĩnh vực nông sản, Luật bỏ nội dung sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường được sử dụng làm thức ăn chăn nuôi, dược liệu thì áp dụng thuế suất GTGT theo mức thuế suất quy định cho sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản đang quy định tại khoản 5 điều 9 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15.

Một nội dung quan trọng nữa ở lần sửa đổi này là bỏ quy định về điều kiện hoàn thuế là người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai nộp thuế.

Cùng với đó, Luật bổ sung đối tượng không phải chịu thuế GTGT là hàng hóa, dịch vụ của hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh có mức doanh thu năm từ 500 triệu đồng trở xuống để đồng bộ với quy định tại Luật Thuế thu nhập cá nhân (sửa đổi).

Quá trình thảo luận, các đại biểu đánh giá lần sửa đổi này thể hiện quan điểm lựa chọn chính sách theo hướng ưu tiên việc tạo thuận lợi cho doanh nghiệp. Cơ chế này sẽ khuyến khích sản xuất kinh doanh hàng nông sản ở cả khâu chế biến và thương mại, giảm áp lực về dòng tiền và thủ tục. Bên cạnh đó, các đại biểu cũng đề nghị đánh giá kỹ tác động với ngân sách, người dân và doanh nghiệp.

Tại báo cáo giải trình, Chính phủ cho biết, quy định này vốn đã được thực hiện ổn định nhiều năm, đảm bảo không vi phạm nguyên tắc của thuế GTGT. Tuy nhiên, theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước hiện hành, có thể làm ảnh hưởng đến số thu của các địa phương nơi có sản lượng nông nghiệp lớn nhưng lại tăng hoàn thuế từ ngân sách trung ương nên không làm ảnh hưởng đến số thu ngân sách nhà nước về thuế GTGT.

Từ năm ngân sách 2026, thực hiện Luật Ngân sách nhà nước mới được Quốc hội thông qua ngày 25/6/2025 thì thuế GTGT là khoản thu phân chia sau khi đã trừ số thuế GTGT được hoàn, theo nguyên tắc, tiêu chí trong từng giai đoạn do Ủy ban Thường vụ Quốc hội quyết định. Vì vậy, nội dung sửa đổi này sẽ không gây ảnh hưởng lớn đến nguồn thu ngân sách của địa phương.

Đồng thời, Chính phủ giải thích, quy định này sẽ góp phần hạn chế gian lận trong hoàn thuế GTGT, tránh tình trạng mua bán hóa đơn khống để xin hoàn thuế (nếu bị gian lận trong hoàn thuế thì số thuế GTGT được hoàn sẽ lớn hơn số thuế GTGT thu được).

Về tác động với người dân và doanh nghiệp, theo đánh giá của Chính phủ, các quy định mới giúp giảm bớt gánh nặng về thủ tục hành chính (thủ tục kê khai, tính nộp, làm hồ sơ hoàn thuế) cho người dân và doanh nghiệp. Đồng thời, góp phần hỗ trợ hoạt động xuất khẩu nông, lâm, thủy, hải sản khi doanh nghiệp không phải ứng trước tiền để nộp thuế sau đó lại làm thủ tục hoàn thuế, tránh lãng phí thời gian và chi phí cơ hội của doanh nghiệp. Hiện nay, theo số liệu báo cáo, các doanh nghiệp ngành cà phê phải ứng ra khoảng 5.000 tỷ đồng; ngành lương thực khoảng 2.016 tỷ đồng; ngành hồ tiêu và cây gia vị khoảng 2.162 tỷ đồng để nộp thuế GTGT.

Bên cạnh đó, quy định này sẽ hỗ trợ việc tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp cho bà con nông dân, nhất là trong bối cảnh ngành nông nghiệp bị ảnh hưởng nhiều từ hệ quả của thiên tai, mưa lũ kéo dài.

Riêng đối với việc bỏ điều kiện về hoàn thuế, có ý kiến cho rằng nội dung sửa đổi là tạo thuận lợi cho doanh nghiệp xin hoàn thuế, song đồng thời cũng tạo rủi ro cho ngân sách, tạo ra  khoảng trống pháp lý, gây thất thoát ngân sách và bất lợi cho cơ quan thuế trong quản lý hoàn thuế GTGT.

Hồi âm từ Chính phủ là khi sửa Luật vào năm 2024 quy định này được xác định là một trong những giải pháp về quản lý thuế nhằm phòng, chống gian lận trong hoàn thuế trong khi chưa sửa đổi các quy định về quản lý thuế.

Hiện nay, tại dự thảo Luật Quản lý thuế (sửa đổi) đã trình Quốc hội thông qua tại Kỳ họp này đã sửa đổi tổng thể và có bổ sung một số quy định nhằm quản lý thuế chặt chẽ hơn đối với người nộp thuế để đảm bảo thu đúng, thu đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước và quản lý chặt chẽ hơn trong hoàn thuế cũng như công tác kiểm tra người nộp thuế.

Báo cáo trước khi Quốc hội bấm nút, Bộ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Văn Thắng đề cập việc sửa đổi quy định về phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu được đại biểu nêu.

Theo Bộ trưởng, đây là nội dung chỉnh lý về mặt kỹ thuật soạn thảo để đảm bảo minh bạch chính sách, góp phần khuyến khích việc thu hồi tái sử dụng phụ phẩm, phế phẩm của các sản phẩm nông nghiệp, tạo động lực thúc đẩy phát triển kinh tế tuần hoàn trong ngành nông nghiệp, qua đó góp phần giảm tác động tiêu cực đến môi trường.

Đối với thức ăn chăn nuôi, Bộ trưởng cho hay, việc sửa đổi quy định về thức ăn chăn nuôi là để đảm bảo sự đồng bộ giữa các loại hàng hóa có cùng mục đích sử dụng như thức ăn chăn nuôi, dược liệu, đồng thời cũng đảm bảo công bằng giữa thức ăn chăn nuôi sản xuất trong nước và thức ăn chăn nuôi nhập khẩu. Từ đó, tạo động lực giúp doanh nghiệp giảm giá bán để hỗ trợ cho người chăn nuôi.

Đối với điều kiện hoàn thuế, Bộ trưởng nêu rõ, Chính phủ đã bổ sung nội dung về đánh giá tác động, trong đó đã có báo cáo về tỉ lệ hồ sơ hoàn thuế theo quy định hiện hành. Việc bãi bỏ quy định này góp phần rút ngắn thời gian hoàn thuế cho doanh nghiệp đảm bảo đúng trách nhiệm và quyền lợi riêng rẽ của bên mua và bên bán.