Báo cáo của Bộ Công Thương về xử lý nước thải cho hay, các nhà máy đều xây dựng hệ thống xử lý nước thải và vận hành theo cam kết tại Báo cáo ĐTM. Tuy nhiên vẫn tồn tại doanh nghiệp không vận hành hệ thống xử lý nước thải, như Nhà máy xử lý nước thải dệt nhuộm tại Khu công nghiệp dệt may Phố Nối của VINATEX mặc dù là nhà máy xử lý nước thải của cả khu công nghiệp nhưng lại không vận hành nhà máy xử lý mà xả thẳng ra môi trường.