Hiện nay, viêm não Nhật Bản vẫn chưa có thuốc điều trị đặc hiệu. Các biện pháp điều trị chủ yếu là hồi sức tích cực, kiểm soát triệu chứng và hạn chế biến chứng. Chính vì vậy, phòng bệnh bằng vắc-xin vẫn là chiến lược hiệu quả nhất để giảm nguy cơ tử vong và di chứng lâu dài.