Hiện các hãng hàng không đang khai thác 9 đường bay nội địa kết nối Thanh Hóa với TP.HCM, Nha Trang, Cần Thơ, Đà Nẵng, Buôn Ma Thuột, Phú Quốc, Bình Định, Côn Đảo, Đà Lạt.