Quyết định số 726/QĐ-TTCP ngày 03/4/2015 của Thanh tra Chính phủ nêu rõ: “Kiểm tra việc thực hiện Kết luận số 2744/KL-TTCP ngày 11/12/2008 của Thanh tra Chính phủ về thanh tra việc cổ phần hóa tại Tổng công ty xuất nhập khẩu Việt Nam (Vinaconex) . Thời gian kiểm tra 09 ngày, kể từ ngày công bố Quyết định kiểm tra (ngày 13/4). Tổ kiểm tra gồm 03 thành viên do ông Hoàng Văn Ngọc, Trưởng phòng Nghiệp vụ I, Vụ Giám sát, Thẩm định và Xử lý sau thanh tra, Thanh tra Chính phủ làm Tổ trưởng.

Theo ông Đặng Khánh Toàn, Vụ trưởng, Vụ Giám sát, Thẩm định và Xử lý sau thanh tra,  đây là cuộc kiểm tra theo quy định, không phải là đột xuất. Cuộc thanh tra tại Vinaconex được thực hiện từ năm 2008, sau khi có Kết luận của Thanh tra Chính phủ, Vinaconex đã triển khai thực hiện Kết luận thanh tra, tuy nhiên để đảm bảo quá trình theo dõi, đôn đốc xử lý sau thanh tra đạt hiệu quả cao nhất, Thanh tra Chính phủ quyết định thành lập Tổ kiểm tra cùng Tổng công ty đánh giá việc thực hiện các văn bản chỉ đạo của các cấp, ngành và những việc đã làm của Tổng công ty trong thời gian qua.

Cụ thể, theo Kết luận số 2744/KL-TTCP ngày 11/12/2008, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng giao Bộ Tài chính ra quyết định thu của Vinaconex và các đơn vị thành viên về cho ngân sách nhà nước số tiền là 1.415 tỷ đồng.

Số tiền trên gồm 1.324 tỷ đồng (1.082 tỷ đồng giá trị vốn nhà nước chưa xử lý tại thời điểm bàn giao sang công ty cổ phần và 241 tỷ tiền lãi chậm nộp) Vinaconex chưa nộp về ngân sách nhà nước; 84 tỷ đồng giá trị quyền sử dụng đất đối với diện tích do Vinaconex đã xây dựng vi phạm quy hoạch; 3,9 tỷ đồng do Công ty Cổ phần Xây dựng 1 chưa nộp vào ngân sách nhà nước; 3,3 tỷ đồng, giá trị quyền sử dụng đất của 513,4m2 tại số 53 Lạc Long Quân, Hà Nội khi cổ phần hóa chưa đưa vào xác định giá trị doanh nghiệp...