Trả lời câu hỏi của Phóng viên Báo Đầu tư Online về việc Thanh tra Chính phủ thành lập Đoàn Thanh tra sau khi Báo Đầu tư có bài viết “Dự án BOT Quốc lộ 1A: Khai vống tổng mức đầu tư, kéo dài thời gian thu phí” trên số ra ngày 24/8/2015, ông Ngô Văn Khánh, Phó Tổng thanh tra Chính phủ cho biết, sau khi thống nhất với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Giao thông – Vận tải và Bộ Tài nguyên và Môi trường, báo cáo lên Thủ tướng Chính phủ và được sự chấp thuận của Thủ tướng Chính phủ, Thanh tra Chính phủ đã thành lập Đoàn thanh tra một số dự án đầu tư theo hình thức BOT trong lĩnh vực giao thông, môi trường.

Dự án BOT Nghi Sơn - Cầu Giát đã được Thanh tra Bộ Kế hoạch và Đầu tư công bố Kết luận Thanh tra.

Theo ông Khánh, chủ trương huy động các nguồn lực xã hội để phát triển kinh tế xã hội nói chung trong đó có lĩnh vực giao thông là điều hết sức cần thiết. Tthời gian qua, hình thức đầu tư BT, BOT theo chủ trương của Nhà nước đã làm thay đổi diện mạo cơ sở hạ tầng của cả nước, nhất là các thành phố lớn. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện các dự án BT, BOT cũng đã xuất hiện nhiều tồn tại, vướng mắc đòi hỏi cần có sự đánh giá khách quan.

Đến thời điểm hiện tại, Thanh tra Chính phủ đã mời thêm Bộ Xây dựng vào cuộc và tiến hành thanh tra một số dự án tại Hà Nội, TP.HCM và Bộ Giao thông – Vận tải. Đoàn thanh tra sẽ tiến hành thanh tra trên nguyên tắc kế thừa những Kết luận thanh tra của Bộ Kế hoạch và Đầu tư, tránh trùng lắp, “dẫm chân” các nội dung đã được thực hiện và nếu thanh tra các dự án đang làm sẽ chỉ quan tâm đến một số nội dung trọng yếu.
Theo ông Khánh, mục đích của đoàn thanh tra là vào cuộc để có cái nhìn toàn thể những mặt tích cực, tiêu cực, chưa làm được, phát hiện những lỗ hổng chính sách đề đề xuất sửa chữa, xây dựng thể chế cho lĩnh vực này. Dự kiến, đến hết năm 2015 sẽ hoàn thành cuộc thanh tra này.
Theo Thanh tra Chính phủ, 13 dự án BOT nói trên là những công trình đã và đang thực hiện đầu tư từ năm 2010 đến hết tháng 6/2015. Trước đó, Thanh tra Bộ Kế hoạch và  đầu tư đã và đang thanh tra 17 dự án BOT trên tuyến quốc lộ 1,  Thanh tra Bộ Giao thông vận tải đang tiến hành thanh tra 2 dự án trên tuyến quốc lộ 1 và 4 dự án trên tuyến đường Hồ Chí Minh. Ngoài ra, Bộ Giao thông vận tải cũng mời vào kiểm toán toàn bộ các dự án BOT, BT đang triển khai.
Được biết, tổng số các dự án đầu tư theo hình thức BOT, BT do Bộ Giao thông vận tải đang quản lý là 78 dự án với tổng mức đầu tư 218.990 tỷ đồng. Trong đó 24 dự án đã bàn giao đưa vào thu phí, 54 dự án đang đầu tư. 
Trong đó, chỉ riêng 35 dự án BOT do Bộ Giao thông vận tải quản lý có tổng mức đầu tư ban đầu được duyệt là 124.892 tỷ đồng. Sau khi tiến hành rà soát, giá trị dự toán các dự án được Viện Kinh tế xây dựng (Bộ Xây dựng) thẩm tra, chủ đầu tư phê duyệt hoặc dự kiến phê duyệt là 112.574 tỷ đồng. Như vậy, số vốn chưa sử dụng theo tổng mức đầu tư được duyệt so với giá trị dự toán khoảng 12.318 tỷ đồng.