Việc phân bón không thuộc diện chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã khiến doanh nghiệp sản xuất không có động lực để đầu tư đổi mới mạnh mẽ trong 10 năm qua. Điều này ảnh hưởng tới ngành nông nghiệp về lâu dài trước yêu cầu giảm phát thải, xanh, bền vững.