Cụ thể, tính đến tháng 6/2018, Chương trình 12.500 căn hộ mới xây dựng hoàn thành 8.550 căn; trong đó, 2.924 căn giữ lại phục vụ tái định cư, 3.790 căn bán đấu giá thu hồi vốn và 1.836 căn đang thương thảo với các chủ đầu tư để không mua lại quỹ nhà. Đến nay, UBND quận 2 đã sử dụng 1.847/2.924 căn phục vụ tái định cư dự án Khu đô thị mới Thủ Thiêm và các dự án chỉnh trang đô thị, công ích trên địa bàn quận 2.

Việc triển khai chương trình tồn tại hàng loạt vướng mắc như: thanh quyết toán hạ tầng kỹ thuật toàn khu 38,4 ha phường Bình Khánh, quận 2 thuộc Chương trình 12.500 căn, chi phí bảo hành công trình trong thời gian cơ quan Nhà nước chưa tiếp nhận, bàn giao, việc phạt chậm tiến độ các dự án thuộc chương trình. Ngoài ra, còn vướng mắc về thương thảo, thanh lý hợp đồng với chủ đầu tư…

Khu tái định cư Bình Khánh (phường Bình Khánh, quận 2) có diện tích 38,4 ha. Dự án được đầu tư để tái định cư tại chỗ cho các hộ dân thuộc 5 phường trung tâm của khu đô thị Thủ Thiêm, gồm 3 khu: khu 30,2 ha Bình Khánh có 4.216 căn hộ, khu 38,4 ha Bình Khánh có 6.220 căn hộ, khu 17,3 ha An Phú - Bình Khánh có 1.844 căn.

Đây là dự án được giao cho nhiều chủ đầu tư có tiềm lực tài chính và kinh nghiệm xây dựng triển khai như Tiến Phước, Sacomreal (nay là TTC Land), Thuận Việt, Đức Khải, Keppel Land… Sau khi cac doanh nghiệp này xây dựng nhà ở tái định cư tại đây, các doanh nghiệp này đã bắt đầu được UBND TP.HCM trả tiền đầu tư xây dựng cho các doanh nghiệp theo hình thức BT đó là trả đất cho các doanh nghiệp thực hiện dự án bất động sản để hoàn vốn. 

Hiện nhiều chủ đầu tư đã thực hiện xong dự án trên đất BT được giao như Keppel Land, Tiến Phước... 

Tuy nhiên, hiện nay lượng căn hộ hoàn thành và đưa và sử dụng và giao cho người dân nhưng người dân không về ở đành bỏ hoang. Trước tình trạng này, UBND TP.HCM vừa đồng ý phương án xác định giá khởi điểm để bán đấu giá tài sản công không bao gồm thuế giá trị gia tăng (VAT) quyền sử dụng đất và công trình xây dựng trên đất tại các lô đất R1, R2, R3, R4, R5 để thu lại tiền ngân sách bỏ ra để phát triển những dự án khác.