Nguyên nhân của sự lo lắng này là bởi theo các cam kết hiện nay, PVN sẽ thực hiện bao tiêu sản phẩm của NSRP thông qua hợp đồng bao tiêu sản phẩm với thời gian hiệu lực 10 năm, kể từ ngày vận hành thương mại hoặc khi hợp đồng vay vốn của NSRP kết thúc.

Theo kế hoạch, NSRP sẽ vận hành thương mại vào năm 2017 và đạt công suất tối đa vào năm 2018 với sản lượng xăng dầu là 9,625 triệu m3/năm. Nếu cộng thêm 7,834 triệu m3 xăng dầu của Nhà máy Lọc dầu Dung Quất và 0,69 triệu m3 của 4 cơ sở pha chế xăng từ condensate hiện có thì nguồn cung xăng dầu nội địa được PVN tính là quá đủ đáp ứng nhu cầu trong nước. Cũng tại thời điểm năm 2018, nhu cầu xăng dầu của thị trường nội địa chỉ là 17,329 triệu m3, đặc biệt là sản phẩm dầu diesel sẽ dư thừa lớn, với hơn 0,8 triệu m3. 

Với các biểu thuế nhập khẩu hiện hành, PVN đang rất lo ngại các đầu mối nhập khẩu xăng dầu sẽ không mặn mà với hàng made in Vietnam. Nguyên do, giá bán của các nhà máy lọc dầu tại Việt Nam khi cộng thêm thuế nhập khẩu (nếu vẫn giữ như Thông tư 78/2015/TT-BTC hiện nay) sẽ cao hơn so với  giá xăng dầu nhập khẩu từ ASEAN vì thuế suất nhập khẩu cho hàng hoá có xuất xứ từ ASEAN thấp hơn từ 5-20%. Đáng nói là nếu xăng dầu nội bị ế, PVN vẫn phải trả tiền cho NSRP theo các cam kết và các điều khoản hợp đồng chặt chẽ đã có.

Theo tính toán của PVN, căn cứ theo lộ trình cam kết của Chính phủ, với giả định giá dầu thô WTI là 75 USD/thùng, PVN sẽ phải thanh toán chênh lệch thuế nhập khẩu với các sản phẩm xăng dầu của NSRP (thanh toán thông qua Hợp đồng) khoảng 65.000 tỷ đồng và cho các sản phẩm hoá dầu của NSRP là 10.000 tỷ đồng.

Dẫu vậy thì tới nay vẫn chưa có các hướng dẫn từ cơ quan hữu trách về cơ chế cụ thể liên quan đến việc đảm bảo nguồn tiền và các thủ tục liên quan để PVN thay mặt Chính phủ thực hiện chi trả khoản ưu đãi cho NSRP.

Mặt khác, PVN cũng rất lo ngại việc NSRP được hưởng ưu đãi vượt quá quy định hiện nay. Đó là bởi ưu đãi thuế nhập khẩu được áp dụng trong mọi trường hợp NSRP bán sản phẩm trong thị trường nội địa. Tuy nhiên, rất có thể NSRP chủ động xuất khẩu một phần sản phẩm (do nhận thấy nguy cơ PVN không thể nhận hết sản phẩm theo cam kết) hoặc bên thứ 3 xuất khẩu sau khi mua sản phẩm của NSRP - nghĩa là sản phẩm của NSRP không tiêu thụ tại Việt Nam nhưng vẫn được hưởng đầy đủ ưu đãi bù thuế nhập khẩu.

Hồi tháng 3/2015, PVN cũng đã đưa ra các tính toán về khoản tiền phải bù đắp cho Nhà máy Lọc dầu Dung Quất dựa trên biểu thuế nhập khẩu xăng dầu theo Thông tư 165/2014/TT- BTC. Cụ thể PVN sẽ có trách nhiệm phải thực hiện cấp bù cho Nhà máy Lọc dầu Dung Quất theo mức 2% với dầu diesel, 5% với LPG và 3% với hạt nhựa PP theo các quy định và hướng dẫn hiện đang áp dụng cho BSR khi thực hiện cơ chế thu điều tiết theo Quyết định 1942/2009/QĐ-TTg. Như vậy, nếu giá dầu ở mức 60 USD/thùng, thì chỉ riêng năm 2015, PVN sẽ phải móc túi ra 1.065,7 tỷ đồng và giai đoạn 2016-2018, mỗi năm là 3.011 tỷ đồng để bù cho Nhà máy Lọc dầu Dung Quất.

Để không bị thủng hầu bao khi NSRP đi vào vận hành thương mại và PVN thực hiện nghĩa vụ bao tiêu sản phẩm và bù đắp chênh lệch thuế nhập khẩu, PVN đã đề nghị Chính phủ cho phép được giữ lại số tiền chênh lệch thuế nhập khẩu cao hơn so với mức ưu đãi thuế cho NSRP (13%). Như vậy PVN sẽ có nguồn tiền để thay mặt Chính phủ thanh toán khoảng 80-85% số tiền chênh lệch thuế nhập khẩu cho NSRP giai đoạn từ 2017 - 2022.

Trường hợp Chính phủ xây dựng Quỹ Phát triển bền vững, hình thành từ việc thu một khoản phí với xăng dầu tiêu dùng để bù đắp phần ưu đãi thuế nhập khẩu thì khoản thuế này sẽ được thu tại cổng nhà máy. Khi đó PVN bán sản phẩm cho khách hàng sẽ được phép giữ lại một khoản phí tương đương với phần tiền chênh lệch thuế đã thay mặt Chính phủ trả phần ưu đãi thuế cho NSRP và thực hiện kê khai, nộp phí còn lại vào Quỹ.