Việc quản lý sử dụng phí cho vay lại và phần trích phí bảo lãnh được tập trung cho mục tiêu tổ chức huy động vốn vay với chi phí và mức độ rủi ro phù hợp, đáp ứng yêu cầu cân đối ngân sách nhà nước và đầu tư phát triển kinh tế xã hội trong từng thời kỳ; phân bổ vốn vay đúng mục đích, có hiệu quả, đảm bảo khả năng trả nợ; duy trì các chỉ số nợ công, nợ chính phủ và nợ nước ngoài của quốc gia ở mức an toàn, đảm bảo an ninh tài chính quốc gia, phù hợp với điều kiện của Việt Nam và thông lệ quốc tế.

Số tiền thu được từ phí cho vay lại và phần trích phí bảo lãnh được phân bổ như sau: Trích 40% để đưa vào Quỹ tích lũy trả nợ; số tiền 60% còn lại được sử dụng để bổ sung kinh phí cho đơn vị trực tiếp thực hiện công tác quản lý nợ công tại Bộ Tài chính (ngoài phần ngân sách nhà nước cấp bảo đảm hoạt động thường xuyên theo quy định hiện hành) cho các mục đích quy định.

Hàng năm, ngoài dự toán ngân sách đảm bảo hoạt động thường xuyên theo quy định hiện hành, Bộ Tài chính giao đơn vị trực tiếp thực hiện công tác quản lý nợ công quản lý sử dụng kinh phí được phân bổ để hỗ trợ tăng cường hiệu quả công tác quản lý nợ công; chi khen thưởng cho các tập thể, cá nhân ngoài đơn vị trực tiếp thực hiện công tác quản lý nợ công tại Bộ Tài chính có thành tích đóng góp trực tiếp cho hoạt động quản lý nợ công với tổng mức chi tối đa bằng 1 tháng tiền lương thực tế trong năm của đơn vị trực tiếp thực hiện công tác quản lý nợ công.

Sau khi hoàn thành các nhiệm vụ chi theo quy định nêu trên, kinh phí tiết kiệm được (nếu có), đơn vị trực tiếp thực hiện công tác quản lý nợ công tại Bộ Tài chính được sử dụng cho các mục đích chi theo quy định tại các Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan quản lý nhà nước, Nghị định số 117/2013/NĐ-CP ngày 07/10/2013 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 130/2005/NĐ-CP và các quy định của pháp luật có liên quan.

Số kinh phí còn lại sau khi đã sử dụng cho các nội dung trên đây được chuyển sang năm sau để sử dụng theo quy định.