Tuy nhiên, do Nghị định 83/2014/NĐ-CP do Bộ Công thương chủ trì, còn Bộ Tài chính là đơn vị phối hợp xây dựng, nên Bộ Tài chính muốn sửa lại phải đề nghị với Bộ Công thương.

Nguồn tin của Báo Đầu tư Online - Baodautu.vn cho hay, lãnh đạo Bộ Tài chính đã yêu cầu các đơn vị liên quan trao đổi với Bộ Công thương để có công văn đề xuất Bộ Công thương trình Chính phủ sửa đổi, bổ sung Nghị định 83/2014/NĐ-CP theo đúng chức năng quản lý nhà nước.

Nghị định 83/2014/NĐ-CP được ban hành hồi tháng 9/2014 và đã qua 1,5 năm áp dụng. Tuy nhiên, các cơ quan quản lý đã cho rằng, hiện đang phát sinh một số vướng mắc hoặc chưa chặt chẽ trong quá trình quản lý cơ sở kinh doanh xăng dầu, như kết nối dữ liệu hoá đơn bán hàng với cơ quan thuế; quy định chính thức về tỷ giá ngoại tệ để tính các loại thuế; xác định thuế nhập khẩu trong công thức tính giá cơ sở trong bối cảnh tồn tại các loại thuế nhập khẩu khác nhau theo các hiệp định thương mại tự do được ký; kê khai giá của thương nhân đầu mối và thương nhân kinh doanh xăng dầu.

Diễn biến gần đây nhất khiến liên Bộ Công thương – Tài chính phải “lời qua, tiếng lại” trên công luận trong điều hành xăng dầu là chuyện tính giá xăng dầu cơ sở dựa trên thuế ưu đãi nhập khẩu (MFN) trong khi các doanh nghiệp nhập khẩu lại tận dụng lợi thế ưu đãi thuế nhập khẩu trong ASEAN để gia tăng tối đa lợi nhuận của hoạt động kinh doanh xăng dầu, khiến cả nền kinh tế phải gánh giá xăng dầu cao. 

Hiện tại, Cục Quản lý Giá đang tiến hành rà soát khoản 3.500 tỷ đồng thuế mà các đầu mối kinh doanh xăng dầu được hoàn trong năm 2015 nhờ có chứng nhận xuất xứ ASEAN và được hưởng thuế ưu đãi ATIGA, xem việc phân chia cụ thể khoản lợi nhuận này tại các doanh nghiệp là vào những khoản mục nào.