Ban Chỉ đạo có chức năng tham mưu, giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo việc xây dựng, tổ chức triển khai vị trí việc làm cán bộ, công chức, viên chức trong cơ quan, tổ chức hành chính, đơn vị sự nghiệp công lập.

Mặc dù đã được giao tự chủ cả tài chính, tổ chức, lẫn biên chế nhưng động đến cái gì, đặc biệt những thứ liên quan đến tài chính, đầu tư, chi tiêu Đơn vị công lập cũng phải xin ý kiến cơ quan chủ quản (bộ, ngành hoặc UBND cấp tỉnh).