Dự án đường sắt tốc độ cao Bắc Nam sẽ được nghiên cứu kỹ điều kiện địa hình, địa chất, mặt bằng để chọn hướng tuyến tối ưu, hạn chế tối đa ảnh hưởng đến đời sống người dân, các khu di tích lịch sử, văn hóa và tâm linh.

Sự hiện diện của Di tích quốc gia đặc biệt Tháp Hòa Lai trên hướng tuyến dự kiến khiến tỉnh Khánh Hòa phải đề xuất điều chỉnh cục bộ Dự án đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam.